南詔后期，云南、貴州西部以及涼山邊緣地區進入了封建領主社會時期，這一時期的醫藥方面，不僅歷代本草收錄彝族的醫藥經驗，而且還出現了彝族的醫方性質的專著，彝族的醫藥在藥物、方劑、生理認識等方面，也都取得了一定的成就。寫于大理國時期的《元陽彝醫書》是云南紅河州元陽縣民間醫生馬理文偶然發現的，其收載病癥68個，動植物藥200余種，還有一些簡易的外科手術方法，該書完全沒有巫術咒語，看不到巫術的影響和痕跡，在每個病癥下都列有治法和方藥，有的還附有服藥后的效果或是服藥中毒后如何救治的藥方。到了15世紀中葉，民間醫生蘭茂在他著的《滇南本草》中，收載了不少彝族藥物，記錄了藥名、考證了植物，弄清了產地，同時，還盡量得納入了用藥的經驗。16世紀中葉，彝族的醫方專著《雙柏彝醫書》詳細說明了多種疾病的治療藥物和使用方法，是一本典型的彝族藥方書籍，較客觀和準確得反映了彝族民間的傳統醫藥知識。

    南詔末期，云南，貴州的彝族逐漸過渡到了封建社會時期，而涼山地區的彝族由于受到地域等多種因素的影響，其奴隸制一直延續到解放前。漫長落后的奴隸社會，加上巫術盛行，涼山彝族地區的彝藥發展非常緩慢，許多醫藥知識在這一時期遭到嚴重破壞，盡管如此，涼山彝族人民為了生存仍然需要用醫藥知識同疾病做斗爭，另外，雖然巫術盛行，但彝族的巫術仍然帶有原始樸素唯物主義的色彩，巫術治病的迷信活動中也夾雜著一些醫藥的知識。發掘于四川涼山彝族自治州甘洛縣的《此木都且》(譯名：造藥治病書)共約六千個彝文字，譯成漢文約一萬字，共收載疾病名稱142個，藥物201種，其中植物藥127種，礦物藥和其他藥物14種，收載病名多為涼山彝族當時的常見病和多發病，收載藥物大多產于當地，該書也是記錄涼山彝族醫藥的寶貴遺產。

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