學派流派在傳承中重視門戶尊嚴與排他性。這種學術意識主要是為防止失傳和保證療效。傳承中不可避免有系統誤差，但如果攙入有悖學說和觀點的論述、花梢的技法、變換操作程序、不適宜的替代藥物等，常導致理論的失真，技藝的變形，特別是技術性流派對此尤為重視，便自覺或不自覺地遵循學術的“自純凈法則”，抵制異說和劣技在本學派和流派中發展。排他才彰顯個性，富于競爭，這并非是保守，而是為了學派健康承傳。這一點，在藝術流派中更為突出。這也使“正宗”為人們所重視。

　　中醫藥很多學派常有哲學背景。《內經》為代表的醫經學派以陰陽五行為總框架自不必說。金元四家的理論和宋代理學有直接關系，持命門學說的溫補學派其理論與太極圖有關。南宋文獻就曾有火神派的記載，其扶陽理論是遵循《易·乾》等重視陽為依據。這些學派援用哲學構建體系，主要是因于其構建方式是經驗總結式，即學派創建者總結大量臨床經驗，在升華為理論時，便援用某種相類相近的哲學理論為依憑，這也是中醫藥理論富于哲學性的原因之一。

　　中醫藥學派理論的突破主要在于治療觀點的改變。如《傷寒論》在病因學上循《素問·熱論》的“傷于寒”，首用辛溫解表。而河間學派的劉完素則貫稱“傷寒是熱病”，開始即以寒涼藥物為治。溫病學派則認為溫熱病是溫邪致病，葉天士首用辛涼。其他如丹溪學派重用滋陰，溫補學派重補脾腎，扶陽學派（火神派）重用溫陽藥物等，都以治療觀點的明確突出而成為其學派的核心思想。

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