中醫藥的學派，最初也是因于學術主旨不同而劃分的，至唐代以前這種學派在演進中成為學科。宋代以降，在分科之后，又因于學說、觀點的不同而茁成為學派。總的來說，中醫藥形成的時間也和當時的科學文化同步，即中醫藥學派確立始于春秋，定型于戰國，這也是中醫藥理論奠基的標志。

　　以學說和觀點形成學派不久，在宋金之際因其傳播和地域文化等因素，便有地域性學派的崛起，如新安醫派、江浙或三吳醫派、嶺南醫派、海派等。同時，在學派中，又因其專長風格的不同，又有諸多的流派，各彰其道。如上所說，學派從發生到發展，先后有因學術主旨不同之學派，這是最原始的學派，它演發為學科。之后在學科中又因學說和學術觀點的不同而有學科領域的學派。之后又發展為地域性的學派，地域性學派又以地域文化、家世承傳、處方用藥習慣、醫藥資源之異而明道識見異，地域性學派又能超越學科界域，是多學科綜合學派，并以地域文化的特征，承傳于更長的歷史的地域的時間空間。

　　中醫藥學派流派的演化也能展示其學術的運動現象。學派流派演化的總趨向是生→盛→異→化。學術主旨的學派演化為經典理論和學科，例如醫經學派、本草學派乃至傷寒學派。某一學派稱盛于一時后，在發展中引申發揚分異為支流和流派，顯例如傷寒學派、溫病學派都是派中有派。由客觀認識的統一而被公認為中醫的基本理論，也有因弘揚不夠，或學派流派自身生命力不強而未能傳承或為其他理論所吸收，或因傳承難度大又未得傳人而致失傳，典型例子如華佗的外科手術學派，已經有宗師、弟子、學術著作，以學派之勢稱盛于一時，但以后還是失傳了。

　　學派流派的縱橫構建了中醫藥理論體系。中醫藥的不同學術主旨，是學科的濫觴。唐代孔穎達疏《禮記·曲禮》的“三世醫”，即《黃帝針經》、《神農本草》、《素女脈訣》。這被謝利恒、任應秋等稱為“此蓋中國醫學最古之派別也。”這也揭示中醫藥理論體系形成。此后，學派流派成為中醫藥理論體系的主干之一，醫學分科、醫事組織、傳承授學乃至著作刊行、學術爭鳴，皆難以超然于學派流派。可見，學派流派與中醫學理論體系的構建乘時與俱興，是其基干，也是為標志。

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