這一時期，甲騎是軍隊的核心。騎兵披甲戴胃，馬也用甲鎧保護。重裝騎兵的武器，遠戰用弓弩，近戰用矛戟刀劍，特別馬刀是最重要的格斗兵器，故戰仍以刀箭傷為主。

　　一、軍醫的設立
　　《太平御覽》載晉朝劉德“官至太醫校尉”，《資治通鑒·晉紀》中記有武帝時程據為太醫司馬，又《晉書·劉曜傳》所載劉曜被擒，石勒“使金瘡醫李永療之”之事。可見公元五至六世紀時，朝廷已有專職治療戰傷的醫生——金瘡醫。
　　北魏延昌元年（512年），“肆州地震陷裂，死傷甚多”，世宗下詔說：“亡者不可復追，主病之徒，宜加療救，可遣太醫、折傷醫，并給所須之藥就治”（《魏書·過宗紀》）。以上太醫校尉、太醫司馬、金瘡醫和折傷醫,可能都是當時的軍醫。
　　兩晉南北朝時，帝王及將帥出征，也多派遣太醫，或有侍醫跟隨。

　　二、士卒的體檢
　　歷史上明文記載由醫生對征募入伍士兵進行體檢，首推齊東昏候蕭寶卷在位之時以（499－501年）。《南史·齊本紀下》敘述其役政的腐敗情形：“自永元（499年）以后,魏每來伐，繼以內難，楊、南徐二州人丁，三人取兩，以此為率，遠郡悉令上米，準行一人五十斛，輸米既畢，就役如故。又先是諸郡役人，多依人士為附隸，謂之屬名。又東境役苦，百姓多注籍詐病遣外。醫巫所在檢占諸屬名，并取病身。凡屬名多不合役，止避小小假，并是役蔭之家。凡注病者，或已積年皆攝充將役，又追責病者租布，隨其年歲多少，銜命之人，皆給貨賂，隨意縱舍。”從上可知，當時檢查人丁是否可服乓役，不僅是醫生，且有巫師在內。一方面，豪紳地主包庇應征募者逃役；一方面，巫醫又借工作之便，勒索百姓錢財，放走合格的兵丁，而將有病、孱弱、貧窮的丁口充數。

　　三、有關軍隊多發病及流行病的記載
　　疾病對于人類生命的威脅，往往超過戰爭的殺傷力。戰爭中遠行征伐，風餐露宿，容易發生各種疾病，是古代軍事家早已重視的事情。三國時赤壁之戰，戰爭還未開始，孫權主將周瑜就已斷言：曹操“驅中國（指中原地區）士眾遠涉江湖之間，不習水土，必生疾病”。果然，曹軍到江漢水網地區后，尚未接戰，“軍眾已有疾病”（《三國志、周瑜傳》）。
　　《魏書，武帝紀》中也記載：“公（曹操）至赤壁，與（劉）備戰不利。于是大疫，吏士多死者，用引軍還”。這里更把“大疫”作為曹軍敗還的第一位原因，赤壁大戰之后半年，曹操在第一項軍令中說：“自頃以來，軍數征行，或遇疫氣，吏士死亡不歸，家室怨曠，百姓流離”（同上）。
　　在這一時期內，歷史上所載戰時多發病及流行病，大致有以下幾類：

　　（一）疫及大疫
　　北魏道武帝于皇始元年（396年）親率“六軍四十余萬”，南下討慕容寶，節節勝利，但至“皇始二年（397年）八月，丙寅朔，帝自魯口進軍常山之九門，時大疫，人馬牛多死。帝問疾于諸軍。對曰：在者才十四五。”（《魏書·太祖紀》）。泰常八年（423年），劉義符遣道濟等救青州，“刁雍求將義兵五千要峻破之。（叔孫）建不聽”說：“兵人不宜水土，疫病過半，若相持不休，兵自死盡，何須復戰？今不損大軍，安全而返，計之上也”（《魏書刁雍傳》）。

　　（二）瘧疾、瘴氣
　　梁武帝時（502～549年），殷鈞任明威將軍，臨川內史，“郡舊多山瘧，更暑必動，……，郡境無復瘧疾”（《梁書·殷鉤傳》）。
　　和平元年（460年）八月，魏文成帝拓拔睿行幸河西，“西征諸軍至西平，什寅走保南山”“九月，諸軍濟河追之，遇瘴氣，多有疫疾，乃行軍還”（《魏書·高宗紀》）。

　　（三）虜瘡（天花）
　　葛洪《肘后方》所載之“虜瘡”，說明天花在我國之流行乃由部隊傳播。

　　四、創傷的診斷和治療
　　魏晉南北朝時期，實踐醫學的發展，使金創折瘍的臨證經驗得到積累和發展。
　　《肘后方》介紹了危重創傷的早期處理，描寫了顱腦損傷和外傷可導致大出血致死的部位。《外臺秘要》卷20“金瘡禁忌序”中引葛洪“凡金瘡出血，其人若渴，當忍之。常用乾食并肥脂之物以止渴，慎勿咸食，若多飲粥葷，則血溢出殺人，不可救也。又忌嗔怒大言笑，思想陰陽，行動作勞。勿多食酸咸，飲食酒、熱羹臛輩，皆使瘡腫痛發，甚者即死。現代對創傷休克及出血性休克的處理，仍然采取這些措施。葛洪認為：“凡金瘡，傷天囟、眉角、腦戶、臂里跳脈（肱動脈）、髀內陰股（股動脈）、兩乳上下、心、鳩尾，小腸及五藏之腑輸（位于胸背，去脊柱三橫指）皆是死處，不可療也”顱腦損傷、肱或股大動脈出血不止，或內臟破裂，肋骨骨折所致的氣血胸等證候，對現代醫學來說也是嚴重的戰傷。
　　劉宋時龔慶宣整理的《劉涓子鬼遺方》是中國在癰疽金瘡方面論述較詳的第一本方書。劉涓子曾隨宋武帝劉裕北征，在軍中以善治金瘡癰疽聞名。全書共載方140余首，其中治金癰疽方有34首。他還提出：如被有射網的毒箭所傷，可用蘭子散解毒。如箭在肉中不出，可用半夏和白蘞下篩，以酒服。并說：“淺者十日出，深者二十日，終不住肉中”。