明代兵制與前代不同，一是參酌歷代兵制的利弊加以變通，建立了衛所制。根據地理位置、險要程度與設防需要，置衛或所。衛所均有固定防區，筑城置堡，大抵一府者設所，聯幾府者設衛。各省區設都指揮使以統轄衛所。又于險隘處設巡檢司，全國軍士均編置于衛所中。二是組建獨立的火器部隊、火力與機動結合的戰車部隊及由步、騎、炮、車合成編組的新京營，使火器的殺傷作用在戰場上得到充分發揮。所以明代陸軍，除步、騎兩個傳統兵種外，出現了戰車和炮兵兩個新興兵種，水軍也較前代進步，在軍隊中占有重要地位。

　　(一)京軍及內地衛所的軍醫
　　《大明匯典·太醫院》載，京軍中的醫官、醫士由太醫院派遣。
　　據洪武四年(1371)統計，三大營(五軍、神機和神樞營)，平均17300人中有醫官或醫士1人。
　　景泰間(1450～1456)于謙設十團營，平均萬人有醫生1名。
　　內地衛所也有軍醫編制、金幼孜《北征錄》說，有毒藥將，由善修合藥餌的人充任；醫人將，由善醫治病的人充任；醫馬將，招善醫馬病的人充當。說明軍隊已有司藥、軍醫和獸醫編制。
　　戚繼光《紀效新書》說，戚家軍中有醫士2名，醫獸1名。《練兵實紀》載，在騎兵、步兵及車兵中均有醫士1名。
　　可見，明代軍醫編制人數不多，可能是太醫院只規定了醫官和醫士員額，不包括醫生在內。因當時醫生地位尚不及士兵，所以沒有記載。

　　(二)邊境衛所中的軍醫
　　明代由于常與蒙古、后金(清)等民族發生戰爭，沿邊關一帶設置了衛所14處，每處由太醫院派醫士1或2人擔任醫療。約1120～5600人中有醫士1名。如軍中缺醫，可由總兵或巡撫奏請，由太醫院拔用。

　　(三)海軍軍醫
　　明代沿海邊防也采用衛所制度。每衛官兵5600人，設指揮1人統領，衛下設千戶所5個，每千戶所下設百戶所10個，每百戶所有官兵112人，設百戶1員，衛所設有醫士1名，戰船上是否有醫生，未見記載。
　　鄭和、張謙等帶兵出使西洋時，隨船帶有醫官、醫士，平均150人中有醫士1名，即每船有醫士3名，民醫數字未則己載，若計入醫生人數應超過180人。

　　(四)軍隊醫療工作制度
　　1、報病制度
　　《練兵實紀》卷2載：“凡軍士有疾病，同伙房即報本管隊總，隊總報旗總。同到歇處驗過，即報百總。徑赴本營將官及主將處報知，遣醫看病形輕重”。“見報病者，不論大小衙門，啟閉冗暇，即時投入。如有把門人阻攔，及將官施行遲誤者，罪坐所由。報病遲過一日者，罪在報遲之官；若因遲報致病兵身死者，究其遲誤之人以軍法”。這是平時疾病上報制度。
　　《紀效新書》載：“凡各兵遇有疾病，本日同伙即報本隊長，隊長親看緩急，報赴哨官，哨官報赴本總，本總即日報本府，以憑批醫療視。遇在客戌，本府親詣撫視”。可能說的是在住地方部隊的報病制度。
　　2、行營及野營醫療制度
　　《練兵實紀》中規定：行營時“遇有乏馬病兵不能前行，登時稟到主將，給予信票，聽差人押送到近地城廓、府衛州縣、營寨所堡巡司調理。病者親識隊伙，乃許留一人看待湯藥，病痊即遣付本營。該地方先具痊疴結狀申查。病痊而不赴軍行所在者，以后期淪；若有死于行軍所在者，本隊伍掘墓瘞之，仍立標記。哨將率頭目，以隨帶飲食奠之，違者以故棄論。事后再來取回”。
　　《紀效新書》對此所載較簡單，“凡軍行在途，遇有疾病，把總官驗實，隨即稟明，給文選所在官司撥醫調治。痊可即便追來，敢有詐病推避者，治以軍法”。
　　3、關于戰爭傷亡的申報制度
　　《練兵實紀》規定，戰傷與戰死分別申報。報戰傷。“凡遇戰畢，收兵到營時，一面各營將督，據千、把總即開戰傷者為一手本造遞。凡弓箭傷系致命處為一等，雖重不開超等；被中三箭以上，雖輕亦開一等；中二箭者，雖輕不開三等；凡在手足間為二等；箭入不深，再輕者為三等；再輕者四等止。其刀傷當面者為超等；傷手足者為一等，輕者為二等，三等止。凡箭刀傷俱在背后者，不準亦不給醫藥。”報戰死。“凡亡者另開手本。某人傷某處須面前傷，乃坐同對伍償命之罪：傷在背后，死者不恤，亦不連坐；同隊伍若大眾敗走而亡者不恤，當開坐，退縮被殺，但有一傷在前者，即準血戰陣亡之數”。
　　4、關于戰傷搶救的規定
　　戚繼光規定，不準在戰場上停下戰斗去搶救傷員。告誡傷員勿呻吟，并令戰士向前殺去，“殺了賊便可收拾調理”。實則，待殺賊歸來，重傷員特別是重要臟器損傷及大血管破裂者，多已失去搶救時機，即使能得到搶救者，也不易治愈。故多數得到搶救者俱為輕傷員，這是當時條件不得不如此規定。
　　5、對忽視士卒健康官員的處罰規定
　　據《大明匯典》載，洪武二十七年(1394)規定，凡守衛士兵當值時，若有暴疾，本管官旗即歸營所，請醫調治。若看視遲慢，放回猶豫，致令病甚，親管小旗杖一百，總旗鎮九十，百戶住俸一月，其病食錢帶去。
　　兄軍士在鎮守處、丁夫雜匠在工役之所有疾者，當該官司不為請給醫藥救療者，笞四十；因而致死者，仗八十。若已行移所司，而不差撥良醫，及不給對癥藥餌醫治者，罪同。

　　(五)軍隊醫生的訓練
　　由于軍醫缺乏。不少將領要求在衛所設立醫學，培養軍醫，解決軍隊醫療問題。
　　景泰五年(1454)，因山西右參政葉盛奉請，命太醫院選派熟諳方脈醫士1名，往口外獨石等八城、教軍士習醫術，每年更代一次。
　　成化十六年(1480)，陜西、甘肅等十余衛所，因醫藥缺乏，疾疫無法治療，奉請當地市政司各立醫學1所，選精通醫術者，教授軍余子弟。經獲準，才有專門訓練軍醫的學校。

　　(六)軍中藥物供應
　　明代軍中藥物由國家免費供給，軍中設有管理藥料的官員。南京各營應用的藥物，除撥醫士隨病供應外，嘉靖十年(1531)于各營設置藥局，南京禮部督同太醫院，選精通藝業醫士1人，在藥局工作。三年無過，授予冠帶醫士，九年后送吏部詮敘，署任吏目，仍在惠軍藥局。各局藥材，均由南京禮部行，太醫院解發。
　　各府州縣所設惠民藥局，除治療貧民外，還治療軍士，免費供藥。遇疾疫流行，朝廷派員往軍中施藥。但并非經常制度

　　(七)火藥灼傷的治療
　　宋元以后，火藥使用漸廣，有人將火藥與毒藥混合制成武器，發揮二者結合的殺傷力。對這種火傷的療法，明初軍醫著作中也有反映，十四世紀的《金瘡秘傳禁方》載火藥神效方二首。一用蛤蠣殼炙黃研粉、香油調敷；一用白芨、自蘞、廣丹、寒水石、黃柏為末搽敷，是治療火藥灼傷的最早方劑。《行軍方便方》演化為用冰片、四香等燒研蚌殼為粉，以治火藥傷。