陳實功一生致力于外科學，強調作一位好的外科醫生，必須勤讀古代名醫著作及文化哲學論著，以提高科學文化素質和外科學術水平。陳氏集40年外科臨床理論研究和經驗總結，撰《外科正宗》一書，即是這一學術思想的集中體現。陳氏重視理論聯系實際，在醫療實踐中，既重內治，也重外治，既強調宜手術者的早期手術，又反對給不適于手術治療的濫施針刀。在這一思想指導下，提高了對若干外科疾病的認識水平，創造性地提出許多具有科學價值的醫療技術和外科手術。他首先強調外科治療中必須配合飲食營養，認為“飲食何須忌口”，批判了無原則的飲食禁忌，是一種科學主張。陳氏改進了截趾(指)術、氣管縫合術、死骨剔除術、咽部異物剔除術、下頜關節整復術，設計出巧妙的鼻息肉摘除手術器械和手術方法。陳實功反對內科醫生輕視外科的錯誤觀點，嚴厲批評外科醫生輕診斷、亂投藥和濫施針刀的不良傾向。在外科領域內，他是一位敢于創造，不墨守成規的學者，是一位言教身教并重的外科學家。

　　(三外科疾病認識水平的提高：明代對外科疾病認識水平有明顯提高，對一些疾病的病因、癥狀描述、診斷與鑒別診斷，以至提出針對病因的預防方法等方面，都做出了突出貢獻。

　　明代對化膿性感染并發膿毒血癥，有了較清楚的認識。外科著作多于“疔瘡走黃”或“癰腫內陷”項下論述此證，陳實功強調對該病預防，“貴在乎早”。特別是位于頭面部者，“其形雖小，其惡甚大”。并指出，不可艾灸退毒內攻，反會倒陷定黃。薛己記載了鼻面三角危險區化膿性感染引起的膿毒血癥，因患者未接受早期治療而死亡的病例。

　　王肯堂在論述紫泡疔時，首先描述了炭疽癥。他指出，“若因開割瘴死牛、馬、豬、羊之毒，或食其肉，致發疔毒，或在手足，或在頭面，或在胸腹，或在脅肋，或在背脊，或在陰胯。或起紫泡，或起堆核腫痛，創人發熱煩悶。頭痛身疼，骨節煩疼”。上述記載，正確的敘述了炭疽發病患者與羊毛市場、剝割疫畜的密切接觸關系，并對該病癥狀與臨床特點作出了比較確切的描述。

　　明代王肯堂，首次記述了男性乳腺癌。“萬歷癸卯(1603)二月，侍御趙藎庵……袒其胸，左乳側瘡口，大如碗，惡肉紫黑黯，鱗峋嵌深，宛如巖穴之狀，臭不可近。于問何以得此，曰：館試屢下意不能無郁，夏月好以手捋乳頭，遂時時有汁出，或曰是真液也不可泄，因覆之以膏藥，汁止而乳旁有核。既南來校閱勞神，乳核輒腫痛，……八月初，以滯下發噦死，夫男子思乳癌者少矣，其起又甚微渺，而三為盲醫所誤，不可不書之以為后鑒。”

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