明代(1368年～1644年)是中國歷史上政治比較穩定，封建經濟高度發展的王朝，明代中后期出現了資本主義萌芽，商品經濟推動著對外交流、科學技術和文化發展，醫學水平有了明顯提高。
　　君主專制的加強：朱元璋建立全國統一政權后，鑒于元朝滅亡的教訓，竭力加強中央專制集權制。重視爭取團結忠實于封建統治階級的知識分子，為了造就它所需要的人才，1370年，采用劉基建議，設科舉，以八股文取士，考試內容宗《四書》、（五經），主朱熹說，形式上八股文，代圣賢立言，把知識分子思想束縛在程朱理學范圍內。八股取士的學風，對醫學研究中的尊經崇古，故弄玄虛，不思革新等不良傾向，起了推波助瀾的作用。從而把一批知識分子推入醫學領域，這對于提高醫務人員的文化素質和研究水平客觀上是有利的。
　　商品經濟發展和資本主義萌芽：朱元璋即位后，采取鼓勵墾荒，修治陂塘湖堰，實行軍屯，限制蓄養奴婢等措施，推動了農業發展。采取扶植工商業，解放工奴，簡約商稅等措施，為工商業發展創造了有利條件。對外交流和貿易逐步擴大。
　　明代中后期，資本主義萌芽日漸生長，雇傭勞動普遍出現，工場手工業的發展，逐漸形成一些行業中心。蘇州是絲織業中心，松江是棉織業中心，景德鎮是瓷器中心，蕪湖是漿染業中心，鉛山是造紙業中侖等，徽州的煉鐵業，湖州的蠶桑業，佛山的冶煉業也很出名，商品經濟發展，促進了人口流動和集中。蘇州盛澤鎮，明初只有五、六十戶，隨督織綢業發展，明末已擁有五萬人口。
　　商品經濟發展推動了交通發展，推動了信息傳播和交流，為醫學發展創造了有利條件。人口集中和流動推動著保健需求的發展，也為某些疾病的傳播創造著條件，梅毒的傳入便是一例。交通發展拓寬了醫生的活動范圍，他們或隨商旅外出，或受達官富商的重金禮聘，或為學習出外訪師拜友，促進了學術信息交流，增加了互相接觸和了解對方學術觀點的機會。
　　思想文化和科學校術發展：明初，程朱理學占有統治地位。宋濂、方孝孺、薛等儒學大師都尊崇程朱。朱元璋把朱熹的《四書集注》定為科舉考試標準，朱棣主持編纂了宣揚程朱理學的《性理大全》等書。官方的倡導、左右著學風。這種不利于學術爭鳴的氣氛，也引起學術界的不滿。陳獻章(1428～1500)出，開始向陸九淵的“心學”傾斜。王守仁(1472～1528)對程朱理學的批判，使陸王之學逐漸居于上風。
　　明代科學技術在經濟發展的推動下，有了顯著提高。各類科學是相互滲透的，明代科學技術的發展，從理論觀點、方法、技術以至資料，都對醫學有重大影響。元代王幀創木活字成功，明弘治間(1488～1505)銅活字已正式流行于江蘇一帶，萬歷間(1573～1620)又出現了套板印刷。明代出版業的繁榮，為醫學著作出版和醫學知識普及創造了方便條件。藥物進入商品運轉，對它的性能、產地、炮制、功效、真偽鑒別等方面的研究更為需要。農業技術為藥物馴化栽培提供了條件，交通貿易促進了海外藥物的傳入及新藥物的發現，推動了本草學的發展。藥物學的發展又充實了農業知識，《農政全書》收錄了朱棣《救荒本草》的全部內容，科學技術每一進步，都迅速滲入醫學領域，據《外科正宗》記載，以前用馬銜鐵打造鈹針，軟而不鋒，冶鐵術的進步，改用鋼鐵打造，質量大為提高，改善了手術效果。
　　明代醫學發展的特點：官方尊崇儒學，倡導孝悌，醫學被視為履行孝悌的重要手段。“不為良相，便為良醫”，在這樣的環境中，科舉失意的知識分子，涌入醫學領域乃必然之勢。大批知識分子由儒入醫，改善了醫生的文化素質和知識結構，改變了宋時攻外科者“多是庸俗不通文理之人”的狀況，使醫生的社會地位相應提高。
　　明代交通發展，信息傳遞日益進步。醫學家向大城市集中，且得以負笈四方以拜名師，深入民間作實際考察。再加上相對穩定的政治環境，為醫學經驗積累和傳播，醫學理論深化，創造了有利條件。明代醫家中世代業醫甚多，他們或父子相繼，或翁婿相傳，極利于醫學專門化，《霉瘡秘錄》的作者陳司成便是八世業醫之家。一部著作常是父作于繼，連綿續世，始克完成。這樣形成的著作大都有專門性、獨特性和權威性的特征，切于實用，得到公認。楊濟時的《針灸大成》、萬全的《幼科發揮》、薛已的諸種醫書，都屬于這類作品。
　　社會健康需求和臨床實踐永遠不會停留在一點上，醫學理論和實踐的創新也永遠不會停止。創新是明代醫學發展的主流，吳有性的《溫疫論》和李時珍的《本草綱目》是其中兩顆璀璨的明珠。
　　吳有性發展了戾氣說，已接觸到每種傳染病有其特殊致病因子這一實質問題。
　　對天花的認識和人痘接種術的發展，是明代醫學的突出創新，人痘接種術起于何時，尚無定論。它在明代得到普通應用，是公認的；人痘接種術是震動世界醫學史的大事，它啟迪琴納而發明牛痘接種術，開辟了免疫學的新紀元。
　　明代醫學發展特點，展示出醫學的綜合性應用科學的性質，它的特色是依靠長期經驗積累和專門化的過程顯示出來的。它受著傳統文化和思維方式的強烈影響，但通過對經典中醫學理論思維結構的深化，通過對臨床經驗新的概括，不斷創新，明代醫學形成了具有獨特理論體系的醫學。