一、中央的醫(yī)藥機構(gòu)
　　(一)太醫(yī)院的設(shè)置
　　朱元璋自稱吳王之初(1364)，即仿元制設(shè)置全國性的醫(yī)藥行政管理機構(gòu)——醫(yī)學(xué)提舉司。司中設(shè)有：提舉、同提舉、副提舉、醫(yī)學(xué)教授、學(xué)正、官醫(yī)和提領(lǐng)。吳三年(1366年)，改醫(yī)學(xué)提舉為太醫(yī)監(jiān)，設(shè)少監(jiān)(正四品)、監(jiān)遠(yuǎn)(從五品)。洪武元年(1368)，仍設(shè)太醫(yī)院，職官設(shè)置亦無大的變動。當(dāng)時無御醫(yī)一職，洪武六年(1373)始設(shè)御醫(yī)。

　　(二)南北兩京太醫(yī)院
　　明代太醫(yī)院分為南京、北京兩處。
　　洪武元年(1368)，南京太醫(yī)院設(shè)有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年(1381)改設(shè)太醫(yī)令1人，太醫(yī)丞1人，吏目1人，御醫(yī)4人。洪武二十二年(1389)，又改太醫(yī)令為院使，太醫(yī)丞為院判。永樂十九年遷都北京后，南京太醫(yī)院僅設(shè)院判、吏目各1人，掌管醫(yī)事，下設(shè)醫(yī)士和醫(yī)生。同時于北京建太醫(yī)院，設(shè)院使1人，院判2人，御醫(yī)4人(后增至18人)，吏目1人。隆慶五年(1571)設(shè)御醫(yī)10人；吏目10人，下設(shè)醫(yī)官、醫(yī)生、醫(yī)士若干人。
　　兩京太醫(yī)院均設(shè)有生藥庫，設(shè)大使、副大使各1人，掌管藥物。每年藥材由產(chǎn)地派人解納，按藥材的質(zhì)量、炮制、燥濕程度分類。由太醫(yī)院御醫(yī)和藥庫大使辨驗入庫，禮部派人監(jiān)放并登記造冊，一式兩份，一留太醫(yī)院備案，一送禮部查考。生藥庫年入庫量很大并逐年增加。

　　(三)太醫(yī)院的分科
　　明代太醫(yī)院分為13科，即大方脈、婦人、傷寒、小方脈、針灸、口齒、咽喉、眼、瘡瘍、接骨、盎鏃、祝由、按摩，同元代13科相比，風(fēng)科改為傷寒，金瘡分為金鏃和瘡瘍兩科，雜科改為按摩，取消了禁科，較前代更適合臨床需要。
　　太醫(yī)院要求御醫(yī)以下各專一科。隆慶五年(1571)太醫(yī)院有御醫(yī)、吏目共20人，統(tǒng)領(lǐng)13科，每科由一到數(shù)名御醫(yī)或吏目掌管，下屬醫(yī)士和醫(yī)生，各科御醫(yī)或吏目人數(shù)為：大方脈5人，傷寒4人，小方脈2人，婦人2人，口齒、咽喉、瘡瘍、正骨、痘疹、眼科、針灸各1人，下屬醫(yī)士醫(yī)生70余名。

　　(四)太醫(yī)院的職能
　　1、醫(yī)療保健
　　太醫(yī)院御醫(yī)以上每天分兩班在內(nèi)府御藥房值班，為皇帝及內(nèi)宮嬪妃服務(wù)。遇皇帝出巡，太醫(yī)院醫(yī)官作為隨行，沿途為皇帝、隨行官員和侍衛(wèi)作保健服務(wù)。
　　各親王府、藩王府及接待外賓的會同館均設(shè)有醫(yī)官，他們遇有疑難病癥，常向太醫(yī)院請求醫(yī)藥方面的幫助。明代規(guī)定，各王府請醫(yī)，不能直接向太醫(yī)院提出，須上奏皇帝，經(jīng)批準(zhǔn)后由太醫(yī)院奉旨派遣醫(yī)官或醫(yī)士前往診治。文武大臣及外國酋長有病，太醫(yī)院亦奉旨往視，將治療結(jié)果具本覆奏。發(fā)現(xiàn)疫情，太醫(yī)院有向軍隊、監(jiān)獄、邊關(guān)隘口等處派遣醫(yī)官治療的任務(wù)。
　　2、醫(yī)官的任免與派遣
　　全國各府、州、縣的醫(yī)學(xué)機構(gòu)中的醫(yī)官，均由太醫(yī)院考核委派。《明史·職官三》載，全國各府、州、縣的惠民藥局，邊關(guān)衛(wèi)所等處所設(shè)醫(yī)官、醫(yī)士、醫(yī)生，俱由太醫(yī)院派遣，年終考查其功過，以為升遷任免之據(jù)。據(jù)《古今醫(yī)統(tǒng)大全》卷三記載，明太醫(yī)院外遣醫(yī)官達(dá)150人。

　　二、宮廷醫(yī)事制度
　　明代宮廷除為皇帝服務(wù)的御藥房外，還設(shè)有專為皇太子、后宮嬪妃和王府服務(wù)的醫(yī)療機構(gòu)。

　　(一)御藥局和御藥房
　　吳元年(1364)，朱元璋設(shè)尚藥局，尚藥御奉品階為正六品。洪武六年(1373)，內(nèi)府設(shè)御藥局，始置御醫(yī)。御藥局設(shè)尚藥御奉2人，直長2人，藥童10人，俱以內(nèi)臣充之。御醫(yī)4人由太醫(yī)院醫(yī)官擔(dān)任。御藥局主要任務(wù)是監(jiān)制御用藥餌，兼管收儲各地進(jìn)貢的名貴藥材。
　　1373年又設(shè)御藥房，由提監(jiān)、太監(jiān)理其事，近侍醫(yī)官無定員，分兩班掌管御用藥餌，官階與太醫(yī)院醫(yī)官相似。
　　嘉靖十五年(1536)，改御藥房為圣濟殿，又設(shè)御藥房，由御醫(yī)輪流值班。萬歷三年(1575)，圣濟殿造御藥庫關(guān)防印一枚，由提督太監(jiān)收管，以憑傳取，年終將傳取藥材及剩余數(shù)額等項造冊，送禮部查考。

　　(二)東宮典藥局
　　洪武二年(1369)，東宮設(shè)典璽、典藥、典膳、典服、典兵、典乘六局。每局設(shè)局郎1人，局丞1人，內(nèi)使10人。典藥局郎、局遠(yuǎn)及內(nèi)使負(fù)責(zé)皇太子的醫(yī)療保健。
　　京師各親王府在承奉司下置司藥2人，以司親王府的醫(yī)藥工作。建文間(1399～1403)。京師親王府增設(shè)典藥1人。

　　(三)后宮醫(yī)藥機構(gòu)
　　洪武五年(1372)，后宮設(shè)六局，由尚食同負(fù)責(zé)醫(yī)藥，內(nèi)設(shè)司藥2人，掌管醫(yī)方和藥物，并有典藥2人，掌藥2人，均由女官充任。永樂間(1403～1424)及其后，這些職務(wù)均轉(zhuǎn)由宦官擔(dān)任。
　　皇后及嬪記有病，多由太醫(yī)院醫(yī)官診視。后宮設(shè)安樂堂，專供后嬪養(yǎng)病；設(shè)有月子房，供宮內(nèi)孕產(chǎn)用。后宮設(shè)醫(yī)官3人，醫(yī)士36人，還配有穩(wěn)婆、乳婆、醫(yī)整數(shù)十人。

　　(四)王府良醫(yī)所
　　明代備藩王府均設(shè)良醫(yī)所，主管王府醫(yī)療保健。洪武四年(1371)，良醫(yī)所設(shè)良醫(yī)正、良醫(yī)備1人，壽官數(shù)人，俱從文官，由太醫(yī)院推薦，吏部任命。杰出醫(yī)藥家王履、李時珍等曾任過王府良醫(yī)。

　　三、地方的醫(yī)事制度
　　洪武十七年(1384)規(guī)定，府、州、縣均設(shè)專職醫(yī)官。府設(shè)醫(yī)學(xué)正科1人，州設(shè)典科1人，縣設(shè)訓(xùn)科1人，負(fù)責(zé)轄區(qū)的醫(yī)藥衛(wèi)生。據(jù)《順天府志》等載，各縣還設(shè)有惠民藥局、養(yǎng)濟院和安樂堂。

　　(一)惠民藥局
　　明代沿襲宋元舊制，于洪武三年(1372)在南京、北京及各府、州、縣均設(shè)惠民藥局，兩京惠民藥局由太醫(yī)院統(tǒng)轄，設(shè)大使、副使各1人，各府惠民藥局設(shè)提領(lǐng)，州、縣設(shè)醫(yī)官。
　　惠民藥局是為平民診病賣藥的官方機構(gòu)，掌管貯備藥物、調(diào)制成藥等事務(wù)，軍民工匠貧病者均可在惠民藥局求醫(yī)問藥。遇疫病流行，惠民藥局有時也免費提供藥物。
　　惠民藥局的設(shè)置及管理均很不完善，許多藥局有名無實或有醫(yī)無藥，或局舍破敗。

　　(二)社會福利組織
　　洪武七年(1374)，設(shè)養(yǎng)濟院，收養(yǎng)鰥寡孤獨貧病無依者，工匠、軍人及其他老弱病殘者，都是收養(yǎng)對象，院中有醫(yī)官擔(dān)任治療。所需物資由所在府、州、縣按時供給，永樂間(1403～1423)全國州、縣普遍建立養(yǎng)濟院。水樂十五年(1417)，京師民工中疾病流行，為此設(shè)立了一座臨時性的民工醫(yī)院，稱安樂營。
　　明末廣東出現(xiàn)民辦育嬰所。據(jù)《廣東通志》裁：廣東馬應(yīng)勛，字目明，建育嬰所，存活嬰孩無數(shù)。洪武三年(1370)，令全國各州、縣設(shè)立義冢，掩埋遺骨。各州縣奉令擇寬閑地立義冢，凡貧窮無地可葬者，均可葬于其處，并禁水葬和火葬。天順?biāo)哪?1460)，京師于崇文、宣武、安定、東直、西直、阜城等門外，各置涌澤園一所，以收埋遺骨。

　　四、民間醫(yī)學(xué)團體
　　隆慶二年(1568)，我國建立了最早的民間醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)團體“一體堂宅仁醫(yī)會”，它是由徐春甫等在北京發(fā)起和創(chuàng)辦的，據(jù)徐春甫《醫(yī)學(xué)入門捷徑六書》中所載。“一體堂宅仁醫(yī)會錄”一文，可窺見其組成、宗旨和會款等內(nèi)容。宅仁醫(yī)會的成員多為集于京都來自全國各地的名醫(yī)；會中多數(shù)人來自安徽，如徐春甫之師汪宦、新安名醫(yī)巴應(yīng)奎等：還有來自江蘇、河北、湖北、四川、福建等地的名醫(yī)，先后入會者達(dá)46人。醫(yī)會的宗旨在于探討醫(yī)藥學(xué)術(shù)，要求會員深入研究《內(nèi)經(jīng)》及四家學(xué)術(shù)之奧秘，提高醫(yī)療技術(shù)；講求醫(yī)德修養(yǎng)，深戒循私謀利，會員間真誠相待。存善去過，團結(jié)互助，患難相濟。醫(yī)會提出22項會款作為對會員的具體要求。具體款項為：誠意、明理、格致、審證、規(guī)鑒、恒德、力學(xué)、講學(xué)、辨脈、處方、存心、體仁、忘利、自重、法天、醫(yī)學(xué)之大、戒貪鄙、恤貧、自得、知人、醫(yī)箴、避晦疾。從治學(xué)內(nèi)容、方法、態(tài)度到醫(yī)學(xué)家應(yīng)具有的思想素質(zhì)、道德品質(zhì)、處世接物方法、對待患者的態(tài)度等，都作了具體規(guī)定。