蒙醫的基礎理論非常嚴密。三根是主要支柱，五元、六味、八性、十七功能就比較具體。如五元，蒙醫認為世上的物質雖包羅萬象，但均由五個元素（土、水、火、氣、空）和合而成。“六味”是指藥物而言，也是由五種元素在物體形成或植物成長過程中所形成，“八性”是指重、膩、寒、鈍、輕、糙、熱、銳等八種，具有調節病因所致的異常狀態，使之趨于正常的作用。十七功能指蒙醫認為如掌握了上述理論，有助于在臨床上針對不同病情而選擇適宜的藥物進行有效的治療，也有利于對某些藥物的潛在功能作進一步的探索研究。治療疾病的過程，就是調整“三根”使它趨于平衡的過程。這些理論由實踐而來，又指導著臨床實踐，并在實踐中不斷發展提高。

五、七素三穢

　　構成人體和維持生命活動的七種基本物質——食物精華、血液、肉、脂肪、骨，髓、精液統稱為七要素，簡稱七素；三種主要排泄物——糞、尿、汗稱為三穢。七素為三根賴依生存的物質基礎，以保身體發育成長。七素三穢的吸收、排泄運動過程是不可分割的一個整體，是人體進行新陳代謝的過程，共同維持人體正常生理功能。

六、脈道

　　《四部醫典》里記載：“人體血脈可分初成脈、依存脈、連接脈、壽脈四種”。初成脈分出三岔；依存脈有四種；連接脈有黑白二種；壽脈有三條。這些脈道與氣血運行，與體內外的一切孔竅相連，身體才能生長發育。人體長久存在，它是身體的根本。

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