秦漢是中國藥物與方劑及其學術體系奠基的時期。在大量臨床實踐經驗積累的基礎上，藥物與方劑所涉及的領域大大開拓。以《神農本草經》和《傷寒雜病論》中的方藥及其理論最有代表性。它們分別被后世譽為“本草學經典”和“醫方之祖”，對秦漢以前的方藥及其學術理論是一個階段性總結，對以后的藥物方劑的發展產生了深遠的影響。

　　一、《神衣本草經》等反映的藥物成就
　　《神農本草經》為先秦至秦漢藥物學的集大成之作，它反映了東漢以前藥物學術經驗及其成就。

　　（一）創設藥物分類法
　　《本經》問世以前，藥物知識和用藥經驗已有相當積累，隨著藥物種類的日益增多，迫切地需要對藥物進行分類。
　　《本經》首創上、中、下三品分類法。
　　三品分類法是基于當時人們對藥物性能、功效和臨床應用而得出的，對促進藥物學的發展產生過積極的影響，陶弘景在《神農本草經集注》中指出：“上品藥性，亦皆能遣疾，但其勢力和厚，不為倉卒之效……。中品藥性，療疾之辭漸深，輕身之說稍薄，於服之者，祛患當速。而延齡為緩……。下品藥性，專主攻擊，毒烈之氣，傾損中和，不可常服，疾愈即止……。”
　　在三品分類的體系中，每品中都包含著以藥物自然屬性分類的思想，每類中又可劃分為若干小類。對漢代及其以前按“草木蟲石谷”“五藥”分類法有所發展，對陶弘景依自然屬性進行藥物分類的系統提出，有著啟發作用，并且為陶弘景諸病通用藥分類法的形成提供了可資借鑒的經驗。

　　（二）系統地提出了關于藥物的基本理論
　　主要包括以下幾個方面：＜1＞發展了君臣佐使藥物配伍的學說。《本經》云：“藥有君臣佐使，以相宣攝合和，宜用一君二臣五佐，又可一君三臣九佐也。”君藥即主藥，在方中起主導作用，臣、佐、使逐級以配合主藥的作用。＜2＞提出反映藥物各種相互關系的七情合和的學說。《本經》云：“藥有陰陽配合，子母兄弟，根葉華（花）實。草石骨肉，有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相殺者。凡七情合和當視之，相須相使者良，勿用相惡相反者。若有毒宜制，可用相畏相殺。不爾，勿合。”＜3＞發展了關于藥物四氣五味的理論。指出了關于藥物性味、采集時間，干藥收藏，地道藥材，主熟炮炙，真偽鑒別，宜新宜陳等。提出了有關藥物的采集炮炙、加工等理論。＜4＞發展了藥物制劑的學說。這些論述對藥物的制劑起著重要的啟迪作用。

　　（三）闡述了臨床用藥的基本指導思想
　　《本經》指出：“凡欲治病，先察其源，先候病機，五藏未虛，六府未竭，血脈未亂，精神未散，食藥必活。若病已成，可得半愈。病勢已過，命將難全。”把藥物與臨床治療緊密聯系起來，進行考察，以免妄藥。并指出藥物并非萬能，貴在于可治之時盡早防治。“若毒藥治病，先起如黍粟，病去即止，不去倍之，不去十之，取去為度。”在使用有毒性的藥物時，其用量應根據病情，宜從小劑量開始，若不愈再慎審地逐漸加量，以愈為度。

　　（四）正確分析和科學記載了大量藥物的功效
　　如《本經》所載：人參“主補五藏，安精神，定魂魄、止驚悸，除邪氣，明目，開心，益智。”菊華（花）“主風頭眩腫痛，目欲脫，淚出，皮膚死肌，惡風濕痹，久服利血氣。”黃芩“主諸熱黃疸，……，逐水下血閉，惡瘡、疽蝕火瘍。”黃連“主熱氣、目痛……，明目，腸，腹痛下利，婦人腹中腫痛。”當歸“……，溫瘧寒熱洗洗在皮膚中，婦人漏下絕子，諸惡瘡瘍。”海藻“主癭瘤氣，頸下核，破散結氣，……。”等等。這些理論與用藥經驗，在長期臨床實踐中證明是正確的，被歷代醫藥學家所遵循，其中許多藥物之藥理作用已為現代科學研究所證實，如人參補益、麻黃定喘、黃連止痢、海藻治癭等，至今仍是常用的有效藥物。《本經》還對煉丹術、丹藥，以至少數民族地區的用藥知識與經驗，也給予記述。
　　但是，在《本經》中還雜有一些“神仙方術”、“長生不死”等迷信思想，應在整理研究的基礎上予以批判的接受。

　　二、丹藥、石藥
　　中國煉丹術起源于先秦，至秦漢時期更加興盛，特別是東漢時期煉丹士與道教聯盟，為魏晉時期煉丹活動打下了基礎。
　　煉丹者的主觀期望是使賤金屬礦物變為貴金屬，實際上卻對于藥物化學的發展多有貢獻。
　　《神農本草經》中所記載的煉丹原料還有曾青、空青、石膽、樸硝、消石、石流黃、鉛丹、石鐘乳等及其提煉物。《周易參同契》記載了鼎爐等煉丹器具和煉丹所用的汞、鉛、硫黃、胡粉、銅、金、云母、丹砂等。煉丹所得結果，可作外瘡用藥。武威漢簡《治百病方》中載有用丹藥治麻風病的方劑，關于尸體防腐使用汞、丹砂者在秦漢前后也不乏文獻記載和考古證明。

　　三、《傷寒雜病論》對方劑學的貢獻
　　方劑學的成就是《傷寒雜病論》的主要貢獻之一。漢代是方劑學大發展的時期，《漢書·藝文志·方技略》記有經方11家，274卷，但魏晉以后已亡佚。東漢末年成書的《傷寒雜病論》，必然對秦漢以來醫家遺方及同時各家的方劑進行了廣泛擇取。它以六經辨證和臟腑辯證為準則，靈活地運用于外感傷寒與內傷雜病的治療中。
　　據統計，《傷寒論》收載方劑113首（其中禹余糧丸有名無方，故實為112首），《金匱要略》收載方劑262首，除去二書重復者，實得269首。《傷寒論》中的方劑可分為十二類，如桂枝湯類19方，麻黃湯類6方，葛根湯類3方，柴胡湯類6方，梔子湯類7方，承氣湯類12方，瀉心湯類11方，白虎湯類3方，五苓散類4方，四逆湯類11方，理中湯類9方，雜類22方。《金匱要略》中方劑較《傷寒論》更為豐富，如其分痰飲為四種：痰飲、懸飲、溢飲、支飲，分析其病機，辨別其寒熱：選用方劑達16種，涉及藥物30種。
　　從對《傷寒雜病論》中方劑的分析來看，該書對方劑的配伍關系和加減變化，已相當嚴格，達到很高的水平，用于治療傷寒病太陽經表實證的麻黃湯，藥只四味，但配伍法度嚴謹，選藥精審恰當，再者，注意依據不同情況而加減變化，如用于治療中風表虛證的桂枝湯，由它加減變化而成的方劑達19種。方劑的加減變化也極有法度，體現了有常有變的遣方用藥原則。
　　在方證結合方面，《傷寒雜病論》充分體現了因證立法、以法系方、據方用藥的準則。如“以下有痰飲，胸脅支滿，目眩，苓桂術甘湯主之。”痰飲為飲邪留于心下，阻礙虛陽所致，方中用茯苓健脾淡滲，桂枝溫陽化氣，白術運脾燥濕，甘草調和脾胃，共奏健脾滲濕、溫化痰飲之效，而所依之法，則在于“病痰飲者當以溫藥和之”。理法方藥，契合得當。
　　在劑型方面，《傷寒雜病論》在記述的劑型遠遠超過了前代各類醫書的記載，有湯劑、丸劑、散劑、酒劑、洗劑、浴劑、熏劑、滴耳劑、灌鼻劑、軟膏劑、肛門栓劑、陰道栓劑等。針對不同病情采用適當的劑型，有助于療效的提高。
　　《傷寒雜病論》中的方劑大多切合臨證，療效可靠，如白虎湯治暑溫、茵陳蒿湯治黃疸、白頭翁湯治痢疾等等，一直為后世醫家所襲用，并尊為“經方”。