(一)趙學敏的《本草綱目拾遺》
　　在醫學史上，但凡一部偉大著作產生之后，往往會伴隨著產生眾多的后續性著作。在《本草綱目》眾多后續性著作中，成就最大的無疑是清代趙學敏的《本草綱目拾遺》。趙學敏一成中寫過大量有關醫藥方面的著作，其中的《升降秘要》和《藥性玄解》是介紹煉丹方法的，實際上是研究制藥化學的專著；《本草話》是辨別藥物真偽和產地的專著；《花藥卜名錄》專載藥物別名和隱名；《奇藥備考》是補充明代高廉所著《珍異藥品》的著作。可惜這些著作都已散佚無存。趙學敏畢生心血在藥物方面只留下《本草綱目拾遺》10卷尚流傳于世。
　　《本草綱目拾遺》的主要貢獻在于，他總結了《本草綱目》之后藥物學發展的成就。全書載藥921種，其中的716中為《本草綱目》所未載。這一數字超過了古代任何一部本草著作所新增添的藥物數，對李時珍的錯誤或不妥之處加以訂正。如《本草綱目》載鉛粉辛寒無毒，世人“皆仍其誤”，危害匪淺，趙學敏根據實地考查，證明這是錯誤的，并加以糾正。趙學敏對民間醫藥知識極為重視，他深入到民間勞動群眾當中，虛心學習求教，采集了許多簡、便、廉的草藥和單方。如雞血藤舒筋活絡、鴉膽子治冷痢、千里光治瘡、鷓鴣菜驅蛔蟲、臭梧桐治頭風、六月霜解暑毒等等都直接來源于民間經驗。他還記載了清以來傳入的藥物知識，如治療瘧疾的金雞勒、治療咽喉腫痛的胖大海、外用的日精油及東洋參、西洋參、煙草等等。還記載了一些西藥如消強水、刀創水、沖鼻水等。趙學敏編纂醫藥著作的目的是“可濟于世”，因而他治學態度極為嚴謹。因此《本草綱目拾遺》有很高的科學價值，是清代新內容最豐富的本草著作之一，代表了清代本草學的最高成就。

　　(二)尊經復古思潮下的本草著作
　　從明代繆希雍《本草經疏》起，明清在藥物理論探討上出現了新的變更，其中有言本草必宗《本經》的尊經派，著力闡發《神農本草經》的藥物機理；有致力于《神農本草經》原文的輯復工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對象，注疏“經方”藥物的。這種尊經復古傾向的產生與清代整個醫學界的復古思潮有關，與清政府禁固思想文化而產生的乾嘉考據學風也有關。
　　1、注疏《神農本草經》藥物為主的本草著作
　　《本草祟原》為張志聰的未完稿，經其門人高士繼續完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機之間的關系入手分析藥理，切于實際，通俗易曉。
　　清代中葉另有姚球撰有《本草經解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結合，與《本草祟原》殊途同歸。
　　乾隆年間著名醫家除大椿撰集了《神農本草經百種錄》，從辨藥物之形氣監督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對當時一些不明藥性、濫用藥品的時弊予以抨擊。
　　陳修園撰寫《神農本草經讀》時常結合張仲景用藥法，并結合自身豐富的臨床經驗，頗有建樹。綜上各家的共同特點都是在理論上尊經崇古，但由于以上著作多出于臨床經驗豐富的名醫之手，故有不少寶貴的用藥經驗體會，頗有新的見地，所以流傳較廣。
　　2、對《神農本革經》等的輯復工作
　　《神農本草經》的輯佚始于南宋，至明代有盧復輯佚本。清代受考據學的直接影響，一些經學家把其余力用在本草著作上，出現了一股小小的輯佚熱潮，孫星衍、孫馮翼所輯《神農本草經》是各種輯佚本中較突出的一部。孫星衍是清代著名考據學家，孫馮翼是他的學生，仰仗他們淵博的學識、豐富的資料和嚴謹的學風，二孫輯本受到廣泛重視，多次翻刻，影響較大。此后顧觀光在《神農本草經》藥物校勘和考證方面下了一定功夫，輯為新的本子，但其編排次序取自《本草綱目》所列《本經》目錄，未為允當。
　　此外清代對《吳普本草》、《雷公炮炙論》、《新修本草》都作了初步輯復工作。
　　3、注疏經方藥物為主的本草著作
　　清代部分尊經復古者專門討論《傷寒論》、《金匱要略》兩部經典中的藥物。黃元御《長沙藥解》，取張仲景方書中161味藥，探討張仲景治病用藥機理。其特點是將論病與用藥議方結合起來，間附個人見解，對當時醫學中的流弊也多加針砭。
　　鄒澍將張仲景所用173味藥予以疏證，編成《本經疏證》。該書將藥物分為三品，除注疏藥性外，還在毒藥下論述了藥物基原，其特點是結合個人體會，把藥、方、病結合起來論述。
　　此外還有周巖《本草恩辨錄》吳槐綬《南陽藥證匯解》和田伯良《神農本草經原文藥性增解》也都著眼于張仲景用藥法的研究。

　　(三)《本草述》及后續著作
　　清初節纂改編《本草綱目》的著作中，劉若金的《本草述》影響較大。他將《本草綱目》進行了刪節修訂，在80歲上撰成《本草述》一書。書共32卷，編排順序、藥品基本上都取自《本草綱目》大量吸收宋元以來醫家有關論述。該書論藥以談論藥性藥效及藥理入手，常于略引前人論說之后，附以大篇闡釋，對有些藥物解說辨析入微，頗有見地。
　　該書一問世，頗受歡迎。嘉慶間楊時泰對其進行刪節修訂，增加了藥物基原、產地、性味、主治等內容，使一部原為專述藥性的著作，一變成為適于臨床應用的書籍，命名為《本草述鉤玄》。
　　在《本草述》基礎上改編而成的，還有陳其瑞的《本草撮要》，全書以藥為經，以方為緯；體裁與《本草述鉤玄》相類似。另有張琦依據《本草述》節錄的《本草述錄》。其后蔣溶又在張琦節本基礎上再加輯補，成《萃金裘本草述錄》。張琦學生包誠在張琦節本藥物基礎上，以十二經絡為經，十劑為緯，列成《十劑表》。

　　(四)普及性本草著作
　　在清代400余部本草著作中，普及性本草書籍竟占大半，這不能說是完全正常的，但普及性本草著作中仍不乏高水準之作。
　　清代流行最廣的普及性本草著作是汪昂的《本草備要》。他以《本草綱目》和《神農本草經疏》為基礎加以綜合節要而成。該書最大特點是實用，所選400種藥物皆常用之品；另一特點是通俗，解說簡明扼要，易懂易記。
　　吳儀洛的《本草從新》是《本草備要》的增補本。共錄藥物720種。分類編次悉同《本草備要》。補充了許多未見于本草著作記載的民間藥材。在藥物識別上他也根據體會予以記述，其次在產地、道地藥材、炮灸等方面都有新的見解。
　　其它如郭佩蘭的《本草匯》、張璐的《本草逢原》、黃宮繡的《本草求真》等等也各有特色。

　　二、方劑學
　　清代方劑學與藥物學有類似的特點，即數量眾多，內容豐富，且多短小精悍，適于應用。同時對理法方藥和方劑配合意義的研究已更為普遍，水準也不斷提高。
　　清代在方劑學方面影響最大的著作要首推汪昂的《醫方集解》。該書在分類編排上打破了過去方書以病癥分類的傳統，而采用根據方劑功效分門別類的方法，按補養、涌吐、發表、攻里、表里等21門歸納諸方。這樣既便于查閱，又避免了重復。每一具體醫方又分項分別論述介紹組成、方解、附方等，條理清晰，眉目分明。這種方法一直沿用至今。其次選方精煉。該書選取正、附方各300余首，選取原則是“諸書所共取，人世所常用”。由小見大，有精見博。所選方劑皆藥味簡潔，藥物平易者，便于實用。書中雖有少數峻猛之劑，亦為攻堅奪病所必需者，而對冷僻，專治奇癥怪病或藥味超過20味以上者，則不收錄。其三議論有獨到見解，該書中作者個人發明則以“昂按”標明。作者每每對待學術上的爭鳴直陳己見，影響深遠。
　　吳儀洛鑒于《醫方考》和《醫方集解》各具優缺點，綜合二書內容，進行了刪改補充，編成《成方切用》一書，影響亦較廣。
　　在清代眾方書中獨樹一幟的還有趙學敏的《串雅》內外編。這是一部民間‘走方醫’(鈴醫)的醫術方藥經驗匯編。趙學敏是一位獨具慧眼的科學家，將走方醫的秘不傳授的秘方整理保存下來。全書載方貫穿“賤、便、廉”的原則，高度評價走方醫的截、頂、串三da法。記載了許多卓有療效的經驗，如吳茱萸末貼足心治咽喉腫痛、雞血治娛蚣咬傷等等，至今仍在臨床使用。
　　費伯雄著《醫方論》4卷，根據《醫方集解》方劑次序，逐方予以評述。王翊的《萬全備急方》多取山野常見草藥，適于僻壤窮苦之人。宋鴻雪的《方便方》，選古今名醫經驗單方匯集而成。陶承熹的《惠直堂經驗方》取祖父、外祖父平生所集錄的驗方及他本人二十年間在各地所聞所得的各種成方。徐大椿把《傷寒論》中各方分成桂枝類、麻黃類、葛根類等十二類，以簡馭繁，綱舉目張，著成《傷寒類方》、許宏《金鏡內臺方議》也專為闡發張仲景方義而作。清代較有影響的方書還有王子接《絳雪園古方選注》、王孟英的《潛齋簡效方》、年希堯《集驗良方》、何夢瑤《醫方全書》等等不可勝計。
　　以歌訣形式普及方劑內容的著作在清代也有很多，如汪昂的《湯頭歌訣》選方290首，編成200余首七言歌訣，每首歇訣之下還有簡要注釋。該書亦流行甚廣。陳修園編有《長沙方歌括》、《金匱方歌括》、《時方歌括》等。