二、診斷學
　　中醫診斷學到了清代，在各科專著中均有新的見解，如薛己外科、夏禹鑄兒科等，就一般而論，則于以下諸方面尤見長足進步。
　　首先是舌診。清初康熙七年(1668)，名醫張璐之子張登著成《傷寒舌鑒》一書，可謂是舌診史上的重大發展。
　　此書以十六世紀下半葉申斗垣(拱辰)之《傷寒觀舌心法》為底本，參入其父張璐治案所記，及他本人親歷經驗，刪一百三十七舌圖為一百二十，分屬于白苔、黃苔、黑苔、灰苔、霉醬色苔、紅舌、紫舌、藍舌等八類之中，末附妊娠傷寒舌苔一種。在總論之下，舌苔與舌質區分立論，根據額色的深淺、兼雜、潤燥、偏全及形態等不同，逐一圖形顯示，敘其證，明其理，列其治，辨證詳確，要言不理，醫者觀察對照竟可按圖索“治”。
　　不過，此書僅論傷寒熱病舌診，刪去雜病，終非完帙。至清末乃有劉以仁《活人心法》、梁玉瑜《舌鑒辨正》(1891刊)，輯為舌診之集大成書，乃更為全備。四診的其它方面，進步不如望診顯著，多為承先啟后之著，但某些方面得到強調。例如喻昌之《醫門法律》，有“聞聲論”，強調呼吸的觀察，對于掌握病情進展變化十分重要。石芾南之“聞聲須察虛實論”(見《醫原》)對聞聲辨息的分析更為清楚且實用。
　　“燥邪干澀，聲多厲仄，或干噦，或咳聲不揚，或咳則牽痛，或干咳連聲，或太息氣短；化火則多言，甚則譫狂，其聲似破傳啞，聽之有干澀不利之象。濕邪重濁，聲必低平，壅塞不宣，如從甕中作聲音然，或默默懶言，或昏昏倦怠，或多嗽多痰，或痰在喉中，漉漉有聲，或水停心下，汩汩有聲，或多噫氣，周身酸痛，沉重難展；化火則上蒸心肺，神志模糊，呢喃自語，或昏迷沉睡，一派皆重濁不清之象，流露于呼吸之間。他如出言壯厲，先輕后重者，外感也；先重后輕者，內傷也；妄見妄言為語，無稽狂叫為妄言，實也。……虛實兩途，陰陽異治。然則聞聲之道，顧不重哉!經故曰：聞而知之之渭圣。”
　　問診方面喻昌頗有發明。對于問診方法的注意點，他說得很有道理：
　　包括對過去史、現在史的詢問，及避免誘導性發問、不輕信第三者等，皆與現代醫學的問診原則一致。
　　蔣示吉，其于問診的方法，尤見細密詳盡、淺近適用，于臨床家尤感便利，使辨證分析，有可靠根據蹤跡可尋。
　　切診方面，也有所充實。如明·王紹隆傳、清·潘楫增注的《醫燈續餡》(1652)，匯各家脈學參注，結合自己經驗及見解，聯系各科病證闡述脈理治法，內容頗為詳備而切合臨床。又有李中梓之侄輯撰《脈訣匯辨》(1664)，提出“脈學六要”：即辨析相類之脈；對舉相反之脈；熟悉兼至之脈；察定平常本脈；準隨時令變脈；確認真藏絕脈。對于醫生臨床辨脈確有提綱挈領和警策作用。至若賀升平輯之《脈要圖注詳解》(1783)黃宮繡《脈理求真》(十九世紀初)、周學霆《三指彈》(1827)，也為聞述脈學著作，均能聯系病因癥治，并示之以學習、運用之法度，不謂無益。

　　三、醫學史著述及資料
　　作為基礎醫學理論研究的一個方面，清代于醫史資料纂集、考證、評論等方面，有較明顯的進步。例如《古今圖書集成·醫部全錄》蔣廷錫等編纂，刊于1723年，其“醫術名流列傳”，以輯清初以前著名醫學家傳記共1200多則，為空前的全帙；而其選輯的藝文、紀事、雜論、外編等內容，亦多可作為醫史資料參考，反映出不同時代醫學面貌的一個側面。而王宏翰所撰《古今醫史》(1697年刊)，所記古今醫家傳略對古來神怪傳說多所糾正，亦屬難能可貴。至若徐大椿《醫學源流論》，內多評騭古今醫家、醫著之文，言簡而賅，切中肯綮，實可以短篇醫史論文視之。復有王丙、字樸莊，于《吳醫匯講》卷九刊發“考正古方權量說”，對自古以來方書所用劑量從不同時代度量衡變遷角度及臨床實際情況予以一一考證，既甚有益于臨床，又為醫學史的權量變遷源流論文，頗具科學性。清代又有許多醫家、醫話類著作，其中對醫史文獻資料等內容亦每多涉及，反映出醫家們普遍對醫史研究的重視和新的興趣，此實是醫學史作為一門新的科學必將脫穎而出的前奏。