(一)對藥性理論的探討總結
　　 1、藥物歸經學說的初步確定：歸經是指藥物對機體某部位(臟腑、經絡)的選擇性作用。金元時期歸經學說逐漸確立。成為藥性理論的一個重要組成部分。張元素認為取各藥藥性之長使其各歸其經，則力專效宏，若不明歸經，無的放矢則很難中病逐邪。他綜合分析了氣味對臟腑經絡的作用，總結出歸經規律，“凡藥之五味，隨五臟所入而為補瀉，亦不過因其性而調之。”同一瀉火藥，黃連則泄心火，黃芩則瀉肺火，白芍則瀉肝火，知母則瀉腎火，木通則瀉小腸火，黃芩又瀉大腸火，石膏則瀉胃火。他還指出藥物由于炮制方法不同，其歸經亦會隨之發生變化，主治的疾病亦相應不同。不僅如此，張元素還認為制方必須引經報使，才能更好地發揮效用，有些藥物不僅本身作用于某經，且配入方中尚能引導全方其它藥進入該經。這類藥物就是引經報使藥。
　　2、升降浮沉學說的形成：升降浮沉是指藥物作用的趨向而言，也是藥性理論的重要組成部分。張元素秉承《內經》理論，以藥物的氣味陰陽薄厚來闡述升降浮沉，他認為藥物之所以具有升降之性，乃是由其氣味厚薄參合而成，他還舉出茯苓、麻黃為例說明氣薄者未必盡升，味薄者未必盡降。他還精心制定出了風升生、熱浮長、濕化成、燥降收、寒沉藏的“藥類法家”，他注意到藥物的升降浮沉與其質地和種類有關，并可隨炮制或配伍改變趨向以適應臨床復雜的病證。
　　李杲進一步認為藥物升降浮沉之性與四時節氣的更迭是相對的。并總結出凡氣味辛甘溫熱之藥及味之薄者性主升浮，氣味酸苦咸寒及淡味滲泄之品主沉降。他還提出用炮制方法改變藥物的升降趨勢。升降浮沉理論用以概括藥物作用于人體的趨向。對發展藥性理論，指導臨床應用起到重要作用。

　　(二)本草著作概況
　　1、綜合性本草著作：金元時期，綜合性本草著作的編纂進入了歷史上的一個低谷時期。元代至元二十一年(1284)，元世祖命撒里蠻、許國幀召集各路醫學教授增修本草著作，撰成后命名為《至元增修本草》。已亡佚。
　　元代崇尚醫學，設立醫官，常以《內經》、《本草》、《傷寒》等書為題考核醫官。御診太醫尚從善有鑒于此，于至順二年(1331)撰成《本草元命苞》9卷，以便于應付考核及臨床實用。該書主要節自《證類本草》，分別對藥物君臣佐使、性味、功效、主治、產地、采收、形態等加以記載，是現存唯一的元代綜合性本草著作。
　　 2、醫療本草著作：元代從開國初起，即已十分注重宮廷的飲食衛生措施，忽思慧約于天祐至天歷(1314～1329)年間擔任御膳太醫之職，因而有機會接觸從元世祖登位以來60多年積累的經驗。他整理成書，名為《飲膳正要》，繼承了我國古代食品、養生和醫療結合的傳統，所載每一種食品基本上都是保健食品。該書還反映了當時北方少數民族藥物學的成就及中外醫藥交流的史實，如卷18“搠羅脫因”條注，“系畏兀兒茶飯”，“畏兀兒”為今新韁少數民族維吾爾族的舊稱。同卷“兒不湯”條注，“系西天茶飯名”。“西天”指天竺，即今印度。大量諸如此獎的記載跳出了以往以漢民族為中心的傳統食療圈子的局限，為我國食療養生學掀開了新的一頁。該書還增加了一些前人本草著作所未載的內容、有西瓜、回回豆、海紅(沙果)、天鵝、黃羊、麅子等10余種新增加的藥物。對本草著作已載的藥物，該書也在功能主治方面予以補充。特別是對藥物的特殊療效更有明確記載，尤其突出的是對羊品藥物的應用。
　　 元天歷年間（1328～1330)，海寧(今浙江海寧縣)醫學教授吳瑞集50多種前人記載，將各種食物對人體的影響都一一作了說明。撰成《日用本草》8卷，分為米、殼、菜、果、禽、獸、魚、蟲八門，目的是想從日常食物中尋求防治疾病的方法。所收切于藥用的食品共540種，也是食療的一部重要著作。
　　 元代李鵬飛《三元參贊延壽書》卷3為食療專論“飲食有度”，專談飲食宜忌。摘取歷代有關資料，分成五味、食物兩部分闡述食療注意事項。《養生之要》為元代汪汝懋《山居四要》之卷2，匯集前人食療等方面經驗。對飲食宜忌、服藥忌食、解飲食毒等內容作了論述。
　　 3、其它本草著作：嚴格說來，《湯液本草》亦應屬于綜合性本草著作，但它不同于以住的類似著作，而是醫藥緊密結合，上闡經典奧旨，下集諸家之論及個人見解，偏重于藥性理論闡揚和藥物論述與臨床實踐相統一。在氣味陰陽、五臟苦欲補瀉、藥類法家及歸經理論等方面作了闡發和充實發揮。
　　 朱丹溪有《本草衍義補遺》一書，是針對宋代寇宗奭《本草衍義》的發揮，載藥153種，皆根據個人臨床心得體會進行的總結；該書還介紹了某些藥物的使用要點與宜忌，尤其反對服食金石藥。這些實踐經驗的直接總結是極其珍貴的。
　　 元代瑞州(今江西省高安縣)醫學教授胡仕可選出若干常用藥物按韻語編類歌括，元貞元年(1295)成《本草歌括》8卷，每藥附七言歌括一首，簡述藥物功能主治。

　　二、方劑學
　　同藥物學類似，遼夏金元時期的方劑學也明顯萎縮了。
　　宋時已設立御藥院，《政和本草》中已引用“《御藥院方》”，元代承襲宋制，亦設立御藥院，掌握由各地進貢和外藩饋送珍奇藥品，修造湯藥。現存《徹藥院方)系宋金元三朝御藥院所制之成方配本，大多是搜集金元及宋的宮廷秘方，多為配制丸、散、膏、丹之類成藥的醫方，不少方劑為一般方書未見者，是名符其實的宮廷秘方。
　　《瑞竹堂經驗方》為元代薩得彌實（一作沙圖穆蘇）撰。原書15卷，按疾病分為15門。
　　元代李仲南匯集古人醫書，于至順二年(1331)撰成《永類鈐方》22卷，該書以醫經為本，詳列外感內傷諸病，尤重骨傷科，在體例上以脈、病、因、證、治為“五事’，鈐而為圖，貫穿彼此，互為發明，使人一目了然。
　　與李仲南不同，危亦林是醫學世家，他積祖傳五世分科習業的經驗，撰成《世醫得效方》19卷。在該書中毫無保留地公開了大量秘方，是難能可貴的。除搜集古方和整理家傳方外，危亦林還注意博采民間驗方，在該書中記載了很多勞動人民發明的簡便易行的單驗方。全書共載各種方劑3000余首，可說是現存元代方書中的巨著了。
　　元末出現了一部特殊的醫方集《回回藥方》。該書是一部中外醫學交流的產物，是一部回回醫學傳人后在蒙古和元代百余年同漢族醫學、蒙醫學、維吾爾醫學逐漸匯合而有明顯的阿拉伯醫學特點的醫學著作，因元代大都(北京)和上都(多倫)設有兩邊回回藥物院，或許《回回藥方》為該機構的處方集，尚須新的史料證明。《回回藥方》中大量阿拉伯藥物，也有象牡丹皮、巴豆、當歸、細辛、知母等中國特產藥物，還有一些由阿拉伯經中南亞、歐洲、非洲傳入，早已被中醫習用的中藥，如無花果、石榴、安息香、乳香、沒藥等，書中殘存醫方涉及內、外、婦、兒等科，還有制藥技術的記載，其中對骨科的記載尤為突出。金元時期的方書還有金代趙大中編輯的《風科集驗方》共28卷，載方632首，后經趙素增訂，增至1900余方，成為風科最完備的著作。此外有釋繼洪的《嶺南衛生方》和《澹寮集驗秘方》，分別為論述山嵐瘴氣治法及生平歷效方劑。還有艾元英《如宜方》、王東野《集驗方》、元好問《集驗方》、孫允賢《類證南北經驗醫方十戒》等等。