一、本草學
　　自《神農本草經》問世以后，醫家用藥，有所遵循，因而在藥物學方面，有長足的進步。三國時代，有不少醫家，都對該書進行研究注釋。加以發揮，并不斷增入藥物新品種，使本草學的內容更加豐富。又經歷兩晉大約兩個多世紀的時間，不同經驗的積累和各家意見的參差，引起了用藥方面混亂。客觀形勢需要對本草學進行另一次總結，《本草經集注》的著成，正是在這種形勢的要求下出現的，成為我國本草史上的第二塊里程碑。
　　除此而外，較有名的還有李當之、吳普二人的本草著作。
　　1、《李當之本草》
　　李當之系三國時代人，華佗的弟子，梁《七錄》載《李當之本草經》一卷，早佚。宋·掌禹錫引韓保升認為李當之修《神農本經》。李時珍則認為此書即為《李氏藥錄》，其文散見于吳普、陶弘景等人所修本草書中，“頗有發明”云。但此書早佚，后世不行，因而于后代影響極少。
　　2、《吳普本草》
　　吳普也是華佗的弟子，他以華佗所創五禽戲進行養生鍛煉，獲長壽聞名，但主要在本草學上有一定成就。據梁《七錄》載，該書六卷，而宋·掌禹錫在《嘉祐補注本草》所引的書傳中則說：“吳氏本草，魂廣陵人吳普撰。吳氏系華佗弟子，修神農本草，成四百四十一種，唐經籍志尚存六卷。今廣內不復存，惟諸子書多見引據。
　　根據后代輯出的佚文可知，《吳普本草》一書對本草藥性的敘述較為詳明，誠如掌禹錫所說的“其說藥性寒溫五味，最為詳悉，”書中對某一藥常列述前代各家對該藥藥性的不同敘述，如認為丹砂，“神農甘，黃帝苦有毒，扁鵲苦，李氏大寒。”人參，“神農甘小寒，桐君雷公苦，歧伯黃帝無毒，扁鵲有毒。”對石鐘乳，則謂“神農辛，黃帝醫和甘，扁鵲甘無毒，李氏大寒。”……正如陶弘景《本草經集注》中所指出，當時本草學者較多，李當之、吳普是其中較著名者。所著本草作品，或五百九十五味，或四百四十一味不等，四百四十一味所指即《李當之本草》。由上述佚文體例可知，《李當之本草》曾引述其前代甚多醫家的資料，保存了許多前代寶貴的藥學文獻，是一部本草匯編。
　　《吳普本草》大約著成于公元三世紀中葉，流行于世達數百年，后代有不少子書引述了它的內容，如南北朝賈思勰的《齊民要術》，唐代官修《藝文類聚》，《唐書·藝文志》還載有該書六卷的書目。直到宋初太宗所修《太平御覽》，仍收載較多的條文。自此該書即散佚不存，因而《宋史·藝文志》及《崇文總目》都已見不到本書的書目，可見宋代建國后不久，此書即佚。
　　關于《吳普本草》的分類，據尚氏所輯，認為該書原為六卷，雖然分為：玉石、草木、蟲獸、果類、菜、米食等類。但是對照陶弘景《本草經集注》中批評其“草石不分，蟲獸無辨”的觀點來看，這個分類似乎與原意不夠吻合。
　　3、《本草經集注》
　　為陶弘景所著。在陶氏生活時代，本草學方面的書較多，據《本草經集注》的序言中提到的就有吳普本草、李當之藥錄、桐君采藥錄、雷公藥對等等，這些本草學著作，由于作者所處環境不同，對藥物的記載內容也各不相同，有時對藥性的記載甚至互相矛盾，這種狀態對醫藥學，尤其是本草學本身的發展是不利的，《本草經集注》就是作者為澄清這種混亂狀態、統一認識而著成的，正如該書“序錄”明顯指出：又有桐君采藥錄，說其華葉形色；《藥對》四卷，論其佐使相須。魏晉以來，吳普、李當之等更復損益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混糅，冷熱舛錯，草石不分，蟲獸無辨，且所主治，互有得失，醫家不能備見，則識智有淺深。今輒苞綜諸經，研括煩省……精粗皆取，無復遺落，分別科條，區畛物類……”。確實如此，經過《本草經集注》的總結，使我國本草學進入一個新時期。
　　首先，《本草經集注》幾乎包括了當時社會上所應用和了解的藥物，全書共載藥物七百三十種，其中包括《神農本草經》原有的三百六十五種，另又收集本經所載以外，其他醫家所用的各種藥物三百六十五種，即當時所收載的著作《名醫別錄》中的大部分藥物，這是對南北朝以前藥物學的一次總結。
　　其次，《本草經集注》的編著體例，為我國后代本草學著作提供了一個基本模式，這就是把本草書分成總論部分及分論部分。該書“序錄”中對《神農本草經》原有的十多條序文進行了一些解釋，并做了進一步的發揮。盡管當時還沒有足夠的勇氣否定《本經》的錯誤或不足。如《本經》說過：“上藥一百廿種為君，主壽命以應天，無毒，多服久服不傷人”，而《本草經集注》則指出“上藥亦皆能遣疾……病既愈矣，命亦兼申”；關于藥物配伍有君臣佐使，《本經》認為有一君、三臣、五佐、或一君三臣九佐；而《集注》則認為“而檢世道諸方，亦不必皆爾，大抵養命之藥則多君，養性之藥則多臣，治病之藥則多佐”。《本草經集注》在原有基礎上對用藥的份量及用藥，首次提出應該給予注意，認為如果分量“用得其宜，與病相會，入口必愈……分兩違舛，湯丸失度，當差反劇，以至殞命”，指出用藥量的重要意義，對于毒藥的用量，則強調毒藥有毒性大小之別、強弱不同，更要加倍注意，以免過量而傷身體。
　　《本草經集注》比《本經》還提出了許多新的內容，其中有藥物采制、炮制、各類疾病通用藥物、服藥禁忌、藥物度量、煎配藥方、七情畏惡等等。如指出藥物產地對于該藥之藥性關系甚大，認為諸藥“多出近道，氣力性理，不及本邦”，也即強調了地道藥材的重要性。而采藥時節，也指出應認真講究，所謂“春寧宜早，秋寧宜晚，其華實莖葉，乃各隨其成熟年，歲月亦有早晏，不必都依本文也”，強調了所用植物藥部位不同，采摘時間亦異，應根據各地情況而定，不必硬性規定。關于藥物的度量衡，《本草經集注》更有明確規定，指出：
　　“古秤唯有銖兩，而無分名，今則以十黍為一銖，六銖為一分，四分成一兩，十六兩為一斤。”認為“古秤皆復，今南秤是也。晉秤始后漢末以來，今一斤為二斤耳，一兩為二兩耳。”使人注意到不同時代量藥的變遷。對于刀圭、方寸匕等容量的標準，也有明確規定：“凡散藥有云圭者，十分方寸匕之一，準如梧子大也。方寸匕者，作匕正方一寸，抄散，取下落為度。錢五匕者，今五銖錢，邊五字者以抄之，亦令不落為度。一撮者，四刀圭也。十撮為一勺，十勺為一合，以藥升分之者，謂藥有虛實輕重，不得用斤兩，則以升平之，藥升合方寸作，上徑一寸，下徑六分，深八分，內散勿案抑，正爾微動令平調耳。”這樣詳盡準確的衡量標準，是《本草經集注》首次記載的。
　　對于藥物配伍的畏惡禁忌，《本草經集注》對《本經》做了較多的發揮，認為“案其主治雖同，而性理不和，更以成患……其相須，相使，不必同類。猶如和羹，調食魚肉，蔥、鼓各有所宜，若相宣發也。”其內還列舉半夏與生姜、防已與細辛等“數十余條”配伍的例證，使中藥的配伍得到更進一步的闡發，其中有的經歷代應用證實確有道理，如半夏同姜制以減其毒，至今仍在應用。
　　《本草經集注》的藥物分類及歸納法也是具有創造性的。作者明確指出：“今輒苞綜諸經，研括煩省，以神農本經三品合三百六十五為主，又進名醫副品亦三百六十五，合七百三十種。精粗皆取，無復遺落；分別科條，區畛物類……”也就是說，這七百三十種藥的分類法是按照藥物原來的自然屬性來進行的。這些門類，作者分呈七部分，包括玉石（共七十一種）、草木（共二百九十九種）、獸禽、蟲魚（一百一十四種）、果菜（五十六種）、米谷（二十八種）和有名未用（一百一十七種），比《本經》三品分類法是一大進步。
　　《本草經集注》還創造了一種“諸病通用藥”的藥物歸類方法，即按不同疾病及病證，把具有治療該病的各種藥物都歸納于下，例如：黃疸一證之下有茵陳、枝子、紫草、白蘚四種，宿食之下有大黃、巴豆、樸消、茈胡、桔梗、厚樸、皂莢、曲孽、檳榔等，治風通用有防風、防己、秦椒、獨活等，全書的記載病證八十二種，并有解蛇虺，蜈蚣、狗毒等四十多種中毒的藥物等。
　　最后，《本草經集注》創造性采用了頗為別致的朱墨書寫辦法來區別《本經》和《別錄》兩部分不同的經文，又采用同樣的方法，在諸病通用藥一節中，用朱墨兩種不同顏色來書寫藥名，以分別表示藥物的冷熱屬性，正如他在序錄中所說：“諸藥主治，唯冷熱須明，今以來點為熱，墨點為冷，無點者是平，以省于煩注也。”使人一目了然，易于掌握。
　　《本草經集注》原書早佚，清末曾在我國吐魯番出土此書之殘片，為一28.5×27厘米之斷片，上僅載燕屎、天鼠屎、鼴（鼠泉）鼠三種藥及豚卵之部分注文；此片原件現藏于普魯士學院，萬斯年曾從日文譯載該斷片之情況，并刊于《唐代文獻叢考》一書中（1947）。羅福頤的《西陲古方技書殘卷匯編》（1952）亦曾有此片臨摹。敦煌石窟亦曾出土《本草經集注》殘卷，為其序錄部分。此卷曾于一九五五年由群聯書店影印出版，現原件下落不明，有說在英國倫敦博物館的，有說在日本的；由于出土原件均落入國外，故此斷片殘卷彌足珍貴，對于我們了解該書之內容，極有價值，目前尚無完整輯復本。
　　這一時期是古代本草學發展史上的一個繁榮時期。我們在這里雖然只介紹了上述三部著作，但據《隋書·經籍志》的記載；此期間的本草著作很多，計有25種約百卷。

　　二、炮制學
　　炮制是指對中藥材的加工制作，以達到提高藥物效力，減輕或消除毒性的目的，在中藥應用的初期，原始的加工炮制是必然的。如《靈樞·邪客篇》中載有半夏秫米湯，所用的半夏就是炙半夏，張仲景在《傷寒論》和《金匱要略》中所用的藥物，有不少都要經過各種方法炮制。如（口父）咀、去皮尖、炙甘草，炮附子，酒侵大黃，姜炙厚樸，虻蟲去足翅等等。適至兩晉南北朝時期，對藥物的炮炙，已經積累了相當豐富的經驗。例如《肘后備急方》“以粉之火”炙甘遂令熟，熬搗葶藶、酒漬粳米、石上水磨鹿角取濁汁……等等，《本草經集注》，已經有較原則性的意見，如陰乾、曝干、蜜炙、水漬、去節、薄切、刮截搗碎等，都有提及，對各種劑型包括散劑、丸劑、湯酒劑、膏劑在配制過程中的注意事項，飲片制備、煎藥過程、過篩、剝皮……皆有所論及，另還有熬、煎、煮、去木心、去皮心、去瓤、（口父）咀、細切、薄切、槌破、鎊、刮屑等種種炮制技術。積炮制大成的是這一時期，出現的專著《雷公炮炙論》，作者雷敩。關于對此書問世的時間，一般均傾向于本書為南北朝時劉宋。
　　據《雷公炮炙論》自序中提到：“其制藥炮熬煮炙,不能記年月哉……某不量短見，直錄炮熬煮炙，列藥制方，分為上、中、下三卷，有三百件名。”強調“炮熬煮炙”在制藥中的重要性，由于本書后來失傳，其內容則散見于后世本草著作如《經史證類備急本草》、《本草綱目》等著作中，各載有該書234種和254種藥的炮制內容。近人張驥、尚志鈞均輯錄其佚文，按雷氏自序所示，復原其三卷體例，足資參考。
　　按《雷公炮炙論》的主要內容，是對所列各種藥物的修治炮制的具體方法，但其中也不乏藥物的修治原則，如在自序中就有“凡修合丸藥，用蜜只用蜜，用餳只用餳，用糖只用糖，勿交雜用。”又說：“凡修事諸藥等，一一并須專心，勿令交雜，或先熬后煮，或先煮后熬，不得改移，一依怯則。”說明當時在制作成藥方面的嚴格操作要求。書中特別重視藥物真偽的鑒別方法，要求在使用藥物時，要仔細辨認真偽，防止因品種之不同，誤用而影響藥力和療效，現舉附子一例，即可了解其重視鑒別的認真態度。書中稱，附子一藥有“烏頭、烏喙、天雄、側子、木鱉子。烏頭少有莖苗，長身烏黑，少有傍尖；烏喙皮上蒼，有大豆許者……黑如烏鐵，宜于文武火中炮令皺折，即劈破用；天雄身全矮，無尖……皮蒼色即是。天雄宜炮皺折后，去皮尖……，側子只是附子傍有小顆，附子如棗核者是，宜生用……。木鱉子不入藥。”這不僅對附子一類藥的不同品種作了形態方面的鑒別、炮制的描述，還提到了木鱉子藥用的歷史。
　　全書在這種藥物鑒別方面，提出了大量的材料，如黃精與鉤吻、灰翟與金鎖天等等。《雷公炮炙論》雖然著成于一千幾百年前，但它對藥物加工炮制的過程和要求，絕大部分都是符合科學道理和要求的，如對巴豆的炮制，要求“敲碎，以麻油并酒等可煮巴豆子，研膏后用”。經過這樣的處理，其中的有效成份巴豆油可溶于麻油中，再經加熱煮過，則其中所含的毒性蛋白質發生變性，這樣，巴豆的毒性就大大減小。對大黃的炮制，書中提到：“細切，內文（汶）如水旋斑緊重者，剉蒸，從巳至未，（日煞）干”，這樣，其中的蒽醌甙受熱破壞，便于貯存，總之，雖然該書的內容，仍然是一些經驗之談，但這是古代人民在長時間用藥過程中總結出來的寶貴經驗，而不是主觀想象的隨意記錄，千百年來經歷了長時間的考驗，有的炮制方法直至今天仍在應用。
　　由于本書早佚，后代已有一些人做了輯佚工作，如李仲梓輯有《炮炙論》，1932年張驥輯《雷公炮制論》，近人尚志鈞輯《雷公炮炙論》，聽錄的佚文都不到三百種，但僅從這些輯本的材料，可知當時藥物加工炮炙的內容已經十分豐富了。
　　總之《雷公炮炙論》是我國古代一部較完整的炮制專著，對后世有著十分重要的影響，明清時期不少有關炮炙的專著，都是在該書的影響下著成的。
　　本時期在藥物學方面，具有承前啟后的重要作用。從本草學、炮炙學的角度看，本草學在編寫體例、內容及編纂思想直至具體方法方面，都具有自己的獨創性。
　　附注：歷代對《雷公炮炙論》成書年代及作者其人，有多種見解，如宋代蘇頌認為是隋代之作，另說成于趙宋，又一說書成于五代，還有另一說是成書于劉宋，較多人贊同。
　　根據以上所述，藥物的炮制，歷史十分悠久，隨著用藥經驗的不斷積累，人們在這方面的知識愈來愈豐富。技術也不斷提高，在《本草經集注》中所提到的炮炙技術，就已經比較多，但由于該書是一部綜合性本草，故未專章論述炮炙。據《隋書·經籍志》所載，有《雷公本草集注》四卷，清人姚振宗的《隋書經集志考證》中，認為《雷公本草集注》即是《雷公炮炙論》按蘇頌認為雷敩是隋人，亦未曾提出有說服力的論據。據宋·趙希弁在《郡齋讀書后志》中說：“雷公炮炙三卷，古宋：雷敩撰，胡治重定，述百藥性味炮熬煮炙之方。”晁公武《讀書志》也有同樣記述：明李時珍謂《雷公炮炙論》劉宋時雷敩所著，非黃帝時雷公也。自稱內究守國安正公，或是宮名也。胡洽居士重加定述……”。胡洽原名為胡道洽，后因避諱而改為胡洽，系有北朝時劉宋人，因此，《雷公炮炙論》于此時著成，重訂是可能和可信的。更重要的是客觀形勢的發展，也就是臨床醫學的需要，對藥物質量的要求日益提高，需要有明確的質量要求，迫切需要炮制方面的逐步規范化，另一方面，中藥炮制技術和學術方面的發展到這一時期已經達到一定的高度，有可能進行一次“觀其書，乃有言唐以后藥名者，或是后人增損之歟?”這是完全可能的，也是可以理解的，近人范行準在《中國醫學史略》一書中，認為本書中多次提及“乳缽”詞，足證其應為五代后之作品，這也極有可能為后世所加。基于上述之見解，我們還是把本書作為這一時期的作品加以敘述。