17世紀以后，蒙醫學家將藏醫、印度醫學的理論與蒙古傳統醫藥結合起來，編撰了大量的蒙醫藥著作，為蒙醫藥的發展奠定了理論基礎。18世紀，蒙醫學家伊希巴拉珠爾在《甘露匯集》中首次提出了“六種基本病癥”理論（赫依、希拉、巴達干、血液、希拉烏素、粘蟲）等蒙醫獨特的“六基癥”理論，補充和發展了《四部醫典》的內容。元代飲膳太醫、蒙古族營養學家忽思慧，用漢文編著了《飲膳正要》一書，內容豐富，圖文并茂，記載了大量的蒙古族飲食衛生及飲食療法、各種食物、有關驗方和營養學方面的內容，此書成為我國最早的營養學專著，生活在草原、森林地區的蒙古人對草藥的知識掌握比較多，隨著他們與國內兄弟民族和阿拉伯、印度以及歐洲國家之間的經濟、文化交流的不斷發展，不僅推動了社會的進步，同時也推動了中外醫藥學知識方面的聯系和交流，內地和國外的藥物也不斷傳入到蒙古地區，特別是西域人（泛指新疆和阿拉伯地區）的藥物大量進入蒙古地區，1292年元統治者在今內蒙古錫林郭勒盟正蘭旗所建的避署行宮設立了“回回藥物院”。1576年后，藏醫經典著作隨西藏黃教傳到蒙古地區。古印度大藏經《甘珠爾》、《丹珠爾》于17世紀被譯成蒙文，其中包括古代印度“阿輸吠陀”（Ayur.Veda）醫學巨著。這些醫著在蒙醫的發展史上發揮了重要作用。

　　據史料記載：從13世紀到17世紀初，廣大蒙古地區出現了不少民間醫療方法及方藥，如酸馬奶療法，瑟必素療法（蒙古語，即用牛羊等動物胃內反芻物做熱敷的一種熱置療法），礦泉療法，灸療法，拔火罐療法，正骨療法，飲食療法以及民間用藥方法是是這個時期的產物。

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