有些蒙藥與中藥雖然來源于同種植物，但是取用部位不盡相同。如：達烏里龍膽，蒙藥用其花（小秦艽花），中藥則用其根作秦艽用，石榴，蒙藥用其果實或種子，中藥則用果皮。上邊談到的廣棗，蒙藥用它的果實，中醫偶有用其樹皮治燙傷。草烏，中藥僅用它的塊根，蒙藥不但用其塊根，還分別用草烏芽、草烏花.真可謂對草烏資源的充分利用。蒙藥品種從總體上有著上述特點外，還具有一定的地域特點，與地理、資源條件相適應。如廣棗、三七、木香、山柰、姜黃、馬錢子、胡椒、益智仁、肉桂、沉香等蒙藥材生長在長江以南地域，具有熱帶、暖溫帶特點的藥材在蒙藥中占一定的比例，蒙醫習稱其為南藥，在常用蒙藥中約有110種。人參、北沙參、苦參、甘草、草烏、百合、沙棘、文冠木、多葉棘豆、狼毒、肉蓯蓉等蒙藥材生長在長江以北，蒙醫習稱其為北藥，在常用蒙藥中約有220余種。

　　地理環境上，如船形烏頭、唐古特烏頭、金腰草、烏奴龍膽、胡黃連、白花龍膽、囊距翠雀花、喜馬拉雅紫茉莉、烈香杜鵑等生長在青藏高原，且為藏醫習用藥材，從《月王藥診》中有其記載，沿用一千余年不衰。隨著《四部醫典》傳入蒙古地區，藏藥對蒙藥的發展起了一定的促進作用，同時部分藏藥亦被蒙醫收用，因此，還有許多藥物蒙醫和藏醫同樣用，這類藥物習稱蒙藏交叉品種。在常用蒙藥中，象這類藥材約有35種。此外象沙棘、多葉棘豆、硬毛棘豆、香青蘭、蒙古山蘿卜花、黃花黃芩、冷蒿等有著蒙古高原特點的地產藥材為蒙藥的主體。其中甘草、蒙古黃芪、麻黃、肉蓯蓉等又是內蒙古的特產，并聞名國內外。

　　據不完全統計，目前在內蒙古供、銷的商品藥材中，地產的藥材約有80余種，其中蒙醫所用藥材占70余種。另外全區各地蒙醫自采自用的藥材亦有60余中。

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