（4）用于疾病的診斷與治療
人體本身是一個有機的整體，內部臟腑有病可以反映于機體的體表，從色澤、聲音、形態、口味、脈象、舌苔等多方面反映出來。由于對五臟與五色、五音、五味等都以五行進行分類歸屬，作了一定的聯系，形成五臟系統的層次結構，所以為疾病的診斷奠定了理論基礎。因此，在臨床診斷上，我們即可以綜合四診材料，根據五行所屬及其生克乘侮規律來推斷病情。如面見青色，喜食酸味，兩脅脹痛，脈弦，即可診為肝病；面見赤色，口味苦，舌尖紅或糜爛，脈洪或數，則可診為心火亢盛；而脾虛病人，面色見青，口泛酸水，則可診為肝木乘土，即肝脾不和之證。
一般來說，中醫診病很重視色診和脈診的結合應用，且能在客觀上大致反映出疾病的狀況。但是，欲從色脈來判斷病情的發展趨勢，則主要是運用五行的生克關系。如《醫宗金鑒·四診心法》指出："色脈相合，已見其色，不得其脈，得克則死，得生則生。"即色脈相符，為病情發展正常；脈克色為逆；脈生色為順。如肝病，色青而見弦脈，是為色脈相符；如不見弦脈而反見浮脈(肺脈)，則屬相克之脈，即脈克色(金克木)為逆；若得沉脈(腎脈)，即脈生色(水生木)，則為順。此種判斷預后的生克關系，在臨床上雖然亦有一定的參考價值，但不能機械地套用。
五行學說用于臨床治療方面，則主要在于控制疾病的傳變和確定治則治法兩方面。
（1）控制疾病傳變
疾病的發生，主要在于機體臟腑陰陽氣血功能的失調。而臟腑組織的功能失調也必然反映于內臟生克制化關系的失常。因此，疾病的傳變，則常是一臟受病而波及他臟，或他臟受病而傳及本臟。因此，在臨床上除對所病本臟進行適當處理外，特別應考慮到與其有關臟腑之間的傳變關系，并應根據五行的生克乘侮規律來調整其太過或不及，以控制或防止其疾病的傳變，使之恢復其正常的功能活動。如肝臟有病，則應經常注意強健脾胃，以防其傳變。脾胃不虛，則疾病不易傳變，且易于痊愈。故《難經》說："見肝之病，則知肝當傳之于脾，故實脾氣。"
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