中國中醫科學院基礎理論研究所所長潘桂娟認為，中醫理論研究的重點任務，應包括理論溯源、理論歸真、理論建構。中醫哲學基礎研究、中醫理論發生研究、中醫發展創新規律研究皆是理論溯源的主要方面。應將中醫理論置于中國文化的背景下，認真研究和解析中國優秀傳統文化對中醫理論建構與發展的影響、中醫學理論與中國古代哲學的內在聯系、歷代名家如何從富有中國文化特色的診療思想出發解決臨床養生、預防和治療的實際問題等。中醫發展規律研究，全面研討中醫理論的演化歷程，深入認識中醫理論的知識特征，對中醫理論的發展規律，發展模式進行解析與說明，對中醫學的核心觀念進行深入的解讀，準確闡發中醫學方法論的思維方式、基本原理、應用規律等。

　　潘桂娟認為，發生學研究的重點應當是指未受西方醫學影響的中醫理論。近現代以來，中醫理論在傳承、創新和建構的過程中，或多或少受到了現代西方醫學思想的影響，“并不是說這樣的理論好與不好，而是我們要真正了解古代中醫學的理論是什么樣，現代中醫學理論又有哪些變化，在中醫原創思維與現代醫學原理及其方法學的比較中，闡明中醫理論的生成與發展規律，解決中醫理論在當代如何實現主體發展和自主創新的認識問題。” 

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