中國醫學史的理論研究是中國醫學史研究中是極為重要的。在中國醫學史研究中，注意總結中國醫學發展的歷史經驗，探索其內在發展規律是醫史研究的根本任務。
　　選擇研究課題是研究工作能否成功的一個重要方面，一般可在上述研究范圍內，參考研究任務和目的性，經過對客觀需要的調查、研究現狀的摸索、取得成功可能性的了解，可以初步確定研究課題。初步課題意向是單一的，也可能同時獲得多個課題；初步課題既可能是小的，也可能是一個內容廣泛的大課題；初步課題可能是很專門的，也可能是一個包羅很多的復雜課題等等。此刻，如果研究者可以給予分析、鑒別，確定其最佳選擇，那么就可根據需要和可能等，將研究題目定下來。不然，研究者在這些初步形成的課題面前感到有些無所適從，或下不了決心，那就可向有關專家、前輩、同事或朋友等請求指導，共同分析這些初步設想的利弊，可能性之大小，資料之多少，調查之難易，研究者的興趣和知識基礎，特別是社會效益、學術價值等，在比較中逐步確定其最佳的選題。
　　研究課題選定后，研究工作能否取得預期效果，大量收集和掌握有關史料就成為關鍵所在。一個極好的選題，沒有足夠史料收集的支持，就不可能形成有說服力的結論，甚至造成研究工作的失敗。醫學史料之收集主要可分為兩大類：即直接史料與間接史料。直接史料，或可稱為第一手史料、原始資料。如就醫學人物之研究，其檔案材料、自傳、書信、著作手稿、論著、筆記、遺物、墓志銘等；直接史料還有一個重要來源，這就是考古發掘之所得。一般而論，由地下發掘或由石室、古建中所獲者，均有較高的直接史料價值。間接史料，或稱為第二手史料，非直接史料一般均屬此類。如就醫史人物研究而言，非本人撰寫的有關傳記、回憶錄，或經重編的著作、文藝作品、美術雕刻、評述、論文等，或屬第三次轉引、編錄者，故其學術價值和參考意義便有所降低。不過，也有不盡然者。
　　史料猶如炊米、原料，醫史學研究如果沒有史料，那就是無米之炊，沒有原料的工廠，這個道理很清楚，無需多費筆墨。如何收集好史料，的確存在著方法和技巧問題。如果對所選課題的基本情況已有初步了解。便從直接史料之收集入手，再及于間接史料；相反，亦可由近及遠，即由間接之二手、三手資料入手、理出線索，再循序收集更有價值的直接史料。其方法大約有：查閱文獻、實地調查、考古發掘、文物征集等。
　　要善于鑒別醫學史料的真偽。如上認真的收集和證購，有可能獲得大量有關史料，這就為課題研究創造了良好的條件和雄厚的基礎，然而為了確定其真正價值，還要進行科學的鑒別。
　　民族醫藥中的精湛技藝和特效方藥倍受重視。
　　醫學考古學。這是考古學的一個分支。醫史研究與考古學和人類學等交叉研究將要誕生一個新學科，屬于科技考古學的范圍。在中國，考古學主要是對元代以前的有關人本身的遺骸，和使用的工具進行研究。這許多考古資料，可以補證史書的缺漏和不足，是醫學史研究中不可少的。醫學考古學與醫學史雖有研究的對象和方法不同，但卻有著殊途同歸、異曲同功之效。與醫學考古學直接相連的是中國醫史博物館及其學科。遠古以來，在中國的地上地下保存了大量的醫藥遺址、器物等。有的作為名勝古跡被保留下來，有的則被損毀，有的文物保存在古董商和博物學家手中，有的則被方志、野史筆記、金石學、文獻學所收錄。近代博物館中常有關于醫藥衛生的文物陳列內容和學術研究成果。
　　隨著醫史研究的深入和大量醫史實物資料的發現、搜集、整理，考古學的發展和博物館學學科內容的系統分類，在專門博物館內分劃出了醫史博物館。在二十世紀三十年代，中國博物館工作者就已經提出：“倘今后幾百科學，各設專館，搜集實物，以資稽考，則學子之所誦習者，可以目驗，一國富強，民情風俗，以及現代科學之沿革及其應用，俱能一目了然，供其參觀。”中華醫學會醫史學會醫史博物館，創辦于1938年，1959年歸上海中醫學院，在館藏、陳列、機構建設、人員設置等均不斷取得發展，出于教學的需要，陜西中醫學院等單位積極籌辦醫史博物館，該館現已升格為陜西省醫史博物館，收藏及陳列均較豐富多彩，大有后來居上之勢。廣州、吉林、成都、山東、甘肅、湖南、南京、北京、江西等中醫學院也相繼辦起了醫史陳列室、館。中國醫史博物館，其前身是1950年全國衛生展覽會的醫史部分，后劃歸中國中醫研究院。此后，曾在該院多次復展并得充實發展。經過多年征集醫藥衛生文物等，于1982年建立中國醫史文獻研究所時，正式建立了中國醫史博物館，現有文物近4000件。此外，河南南陽有張仲景醫圣詞、陜西耀縣藥王山，孫家塬有孫思邈紀念館、湖北蘄春有李時珍紀念館，以及陳實功、萬全、皇甫謐、扁鵲、吳尚先等古代醫家和近代醫史遺址，醫家的紀念館遍及各地，還有少數民族的醫藥勝地，如西藏的藥王山、青海塔爾寺的門巴扎侖（醫學校）、內蒙古的三鎮醫學舊址等，都具有醫史博物館的性質。這些醫史文物與勝跡，生動而直觀地證明了中國醫學的悠久歷史，給人以深刻的印象。
　　中國醫史博物館學是中國醫學史與博物館學交叉的一門新學科，是中國醫史學的有機組成部分。有著廣闊的發展前景和良好社會效益，也是中國醫學史的一大特色。
　　醫史工作者的主要任務是闡明過去，闡明過去則是為了認識醫史經驗教訓、評價已往的醫史人物，以前人為鑒，為的是今人和后人。因此，醫史工作者所從事的勞動，是有益于當代，惠及子孫的事業。
　　醫學史研究所涉及的對象，范圍非常廣泛，因此，這對醫史工作者的素養也提出了更高的要求。醫史工作者運用德、識、才、學四條標準，既是對治史能力的衡量，也是對醫史工作者基本素養的要求。
　　史德，即治史的道德和思想品德。秉筆直書，不隱不昧，實事求是，客觀的反映實際，是中國史學的優良傳統，應該繼承和發揚。
　　史識，就是觀察和分析問題、解決問題和總結表述等能力，“這樣能力，既包括史學工作者的思維素質與能力，又包括史學工作者的開拓創新精神與能力。史學工作者能夠做到，見微知著，洞察底蘊。透過現象，發現本質，言人之所未言，知人之所未知，啟示當今，預測未來，這就是‘史識’”。
　　史學，是指醫史知識、醫史學的理論。《隋書·經籍志》說：“夫史官者，必求博聞強記，疏通知遠之士，使居其位。”盡管這樣要求標準不甚完備，但其中“博”與“通”這兩條有可取之處。博是指知識結構橫向聯系，通則是指知識結構的縱向聯系方面。所以治醫史，除了解醫學各方面知識之外，在對專業專精的基礎上，根據需要和可能還要具備多種學科的相應知識，才能提高醫史學術水平，有可裨益。
　　史才，中治史的才能，如研究能力，史實真偽曲直的鑒別、分析能力、組織、綜合能力、語言的表達及寫作能力等等。《四庫全書總目·史部總序》說：“史之為道，撰述欲其簡，考證欲其詳。”對于寫出的醫史文章和書籍應當論從史出，言必有據，將科學性、藝術性和可讀性有機地結合起來，就須要有史才。
　　中國醫史隊伍是由醫、文、史，哲各科人員組成，整個的知識結構比較合理。還有相當一批醫史愛好者，有的人也取得了良好的研究成績。
　　在中國醫史研究的長河中，醫史工作也曾幾度風雨，幾度春秋，有它轟轟烈烈的年華，也有慘淡失落的歲月。中國醫史工作者經受了這種沉浮的考驗，近十余年間，我們已培養醫史學碩士近百名，醫史學博士10余名，更接受國外有志中國醫史學博士研究生，以及短、長期考察訪問學者等等，表現出了對醫史工作強烈的責任感和事業心，難能可貴“青山遮不住，畢竟東流去。”雖然在面前還有種種困難，但中國醫史研究正在走向世界，這是大趨勢。中國醫學通史的完成，是中國醫學發展在本世紀九十年代中空前的比較系統全面的一次總結，但絕非最科學完美的終本，盡管現在還存在著許多問題和困難，其他學科文明史需要醫史，人民需要醫學史，醫學發展需要醫史，我們相信未來將更加光明。讓每一個醫史工作者、醫史愛好者、熱心并支持中國醫史研究的志士仁人，為繁榮中國醫史研究事業而齊心協力，共同奮斗，使我國醫史研究、教學的后來者能在一個更好的基礎上大步邁進！