《中國醫學通史簡編》經過醫史學家們長期的學術醞釀、研討，籌劃，最終在衛生部和老一輩醫藥衛生工作者的關懷下，動員組織了全國醫史界（包括臺灣和香港在內）的專家學者，于1987年正式開始編寫工作，《中國醫學通史簡編》各分卷歷時八個春秋，經多次審閱、修改而初具規模，下面謹就有關編寫與研究中的一些學術和技術問題，作以下必要的說明。
　　（一）體例與分期問題：在編撰《中國醫學通史簡編》這部巨大著作的醞釀過程中，考慮討論了該書的分期問題，最后確定為四巨冊，即古代醫學分卷（遠古～1840）、近代醫學分卷（1840～1949）、現代醫學分卷（1949～1995）與醫史文物圖譜卷。為首先給人以清晰的時間概念，并能體現醫學發展的規律，古代卷分中國原始人類的醫藥衛生活動等10章，在編述上以時系事，聯系醫家、醫著、學術、體現了中國醫學通史縱不斷線，從古通今的連貫性特點。在每章中，又吸取了志書體例，先概述、醫事制度、律令、醫學教育；次醫，藥衛生保健等學術；再醫藥文化交流，醫家傳記、醫籍評介；其它較獨特的專節一般放在最后。
　　醫學史分期，是否切合歷史實際，是測量一部醫學史學術水平的重要依據之一。因為，切合中國醫學發展歷史實際的分期法，不但在宏觀上給人一目了然、綱舉目張的效果，而且透過分期的微觀上還能得出醫學發展在各個時期的實質內函，《中國醫學通史簡編》總結多年的理論研究和多部專著分期的實踐，使我們認識到在科學的分期上應注意以下三個不同層次的要求，這就是首先必須充分反映出醫學在各個不同時期的不同實質和特點；其次，要考慮到中國科學技術史和文化史特點的相對一致性；再次，是在前二者的基礎上，注意社會政治、經濟發展的相關性等。這個層次是不能倒置的。由于中國醫學史是一個網絡狀的結構，這種縱橫交織、綱舉目張的史書體例，能比較全面系統地容納中國醫學史的基本內容，雖在形式上比較固定少有變動，但每章節的內容則各不相同，然而卻能從中看出上下的銜接與發展變化。
　　（二）關于醫學起源問題。中外醫史界、科技史界歷來對此意見分歧、見仁見智，往往使人莫衷一是，無論是巫源說、動物本能說、圣賢創醫說等等。均不無道理，但又各有偏頗，通過綜合分析，本書在編寫中主張以實踐為主體的多源綜合說，其間有一個內在的邏輯發展過程，人類醫療活動的歷史比巫出現要早，所以單純強調醫源于巫的觀點是站不住腳的。動物越高級，其本能越減退，所以以動物本能為醫的唯一源泉是難以成立的。圣賢創醫說則是復古思潮的產物。所以說醫學起源問題絕非某一單純觀點所能圓滿解釋清楚的。
　　（三）中國古代醫藥學的形態結構。中國古代醫學是傳統醫學的發展范式，是把人放在天地與社會心理中去考察，具有宏觀整體性，是個多源一體化的結構。在中華民族醫藥文化形成的過程中，集中了各民族各地區的醫療學術經驗在內。
　　而居住在中原一帶的醫家在總結各地各族醫藥經驗時“雜合以治，各得其所宜，故治所以異而皆愈者，得病之情，知病之大體也。”因而，當中國古代醫學體系形成和發展過程中，包括民族醫藥在內，在以后的歷程中，以漢醫為主體的傳統醫學不斷地吸收各少數民族醫藥的新鮮經驗，另一方面各少數民族又逐漸結合本地區本民族的醫藥經驗，形成了各具特色的民族醫學，這是中國古代醫史上漢醫與少數民族醫，其共性與個性、整體和部分辨證的統一。
　　（四）中國古代醫藥與人文地理和文化傳統。環境是對中心而言，背景是對主題而言， 近幾十年來，醫史教研工作者在此方面進行了廣泛深入而有成效地探索。中國傳統醫藥學產生于中國，是中華民族長期以來與疾病作斗爭、診療保健的經驗總結和理論概括。一方面，從遠古以來中華民族祖祖輩輩就在自己的國土上生活、生產，進行各種社會文化活動與創造發明，本民族的文明一直未曾中斷。另一方面，又是處在一相對封閉的自然地理環境中，在整個古代，受外來文化的沖擊較少，而有兼收并蓄外域文化的博大氣勢，往往為我所用。中國醫學之外傳，影響著朝、日、越等國的醫學發展，成為這些國家傳統醫學的主要組成部分。鳥瞰中國的地理環境，背依歐亞大陸，西北方橫亙著戈壁大漠，西南方聳立著青藏高原天然屏障，東面是浩淼的大海，直到十九世紀中葉以前，中國人還把自己的國度當作天下的中心，自視為“天朝上國”。以農業為主的物質生存方式，還有采集、捕魚，狩獵，畜牧和手工業等，醫藥文化莫不受這種客觀存在的影響。民族心理的務實精神，是中國農業社會導致的一種心理趨向，鑄造了中國人“重實際而黜玄想”的民族性格。世俗的、入世的思想一直壓倒出世的、超世的宗教神學思想。當西方在漫漫的中世紀黑暗時代——只有神學而無科學的地位，科學只是神學婢女的歲月，中國的醫藥文化一直以其科學與文明的風姿在世界醫林中占居領先的地位。中國傳統醫學并不僅僅是歷史上的醫學，它有著更光明遠大的前景，它是中華民族創造發明的，它又是屬于全人類的，是中華民族對人類醫療保健事業的一大貢獻。從中國人文地理看，中國傳統醫藥學文化中心，開始在黃河中下游一帶經濟發達的平原地區，從秦漢到隋唐仍在陜西、河南、山東及長江以北地區，北宋到南宋金元，中國醫藥文化中心呈東遷南遷之勢，明清之際，中國醫藥文化的中心轉移到江浙一帶。如果說中國古代醫學最早的起根發苗和發展在黃河中下游流域，那么它的相對成熟和開花結果則在江南人文薈萃的地方。
　　（五）對醫藥學家評價。醫史是醫藥學家活動的舞臺，醫家的傳記、著述、學術思想、醫事活動等，牽扯到醫史的每個綱目與網絡。本編對醫史人物的評價，著重強調：
　　①研究醫學家的學說和學術思想，要求研究者所作的結論必須確切，必須符合實際，能反映其特點。
　　②研究醫學家學說和學術思想，必須嚴肅認真，要從全面系統的調查研究入手，作深入細致的分析，千萬不要單憑序跋、小傳或二三手資料作結論；
　　③醫學家學說和學術思想的研究，不要回避矛盾。在研究過程中，只要結論符合實際，能代表其學術思想核心，雖然它不符合潮流，或與多數學者的觀點相反，也要敢于提出自己可供借鑒的意見或結論；
　　④研究醫家學說和學術思想，要不為前人的結論所惑，避免人云亦云；
　　⑤研究歷代醫學家要予以歷史評價，有褒有貶，一分為二，防止絕對肯定或全盤否定的結論，對醫學發展有促進作用的就褒，有阻礙作用的就貶。只有做到這一點，既知其進步性之所在，又注意到消極性之可能危害，才會對現代有更多借鑒；
　　⑥研究醫學家學說和學術思想要抓注主流。醫學家的學術見解、經驗和論述，多是各式各樣的，兼雜并列的，由于歷史條件的局限，少有本人對自己的學說予以明確的、系統的論述，這就要求我們通過深入鉆研，分析綜合，從錯綜復雜的大量資料中，理出一個切合實際的頭緒；
　　⑦研究醫學家學說和學術思想，要探討醫學發展的歷史經驗和規律性問題。
　　（六）醫藥學史料問題。研究醫藥衛生發展，史料是基礎，大量掌握和研究、鑒別史料是醫史研究的基本功。沒有史料尤如無米之炊。由于醫學發展與社會的政治、經濟、哲學、歷史、文化、軍事、體育、交通、宗教等等人文現象和天地間各種自然環境有著直接和間接的多種聯系，所以醫史研究中不僅僅局限于醫、藥、衛生，保健學術本身，還廣泛深入地涉及到醫藥文化的各個方位與層面，醫史史料的來源是多途徑的。古代醫學史料以文獻和文物史料為主，同時還包括一些醫藥衛生民俗史料。
　　文獻史料除歷代醫籍和醫史專著外，廣泛地涉及到正史、野史、筆記、地方志、少數民族有關的醫藥文獻。這是本書史料的主要來源，其間有大量、細致的文獻學研究，鑒別真偽、考證史源等工作。
　　文物史料多借助已往的金石、甲骨、簡帛，以及現代的考古發掘資料，實際上一些文物史料已經變成文獻資料。我們將比較全面系統征集歷代醫藥衛生文物圖片，將收入醫史文物圖譜卷，作為比較直觀的素材，將對文獻發揮有說服力的科學的互證。
　　關于民俗，自古以來，民俗和醫藥衛生就結下了不解之緣，逐漸地形成了豐富多姿的醫藥衛生民俗，發揮過或正在發揮其應有的作用，作為醫史的一個載體，民俗史料不可忽視，往往可補充文獻史料和實物史料不足而造成的醫論蒼白和史實的匱乏，特別是原始社會醫史，秦漢以至先秦醫史，少數民族醫史，沒有自己民族文字、文獻的民族醫史，以及社會醫學和醫學社會學等領域的許多學術問題，醫藥衛生民俗史料的價值顯得尤為珍貴。