藥物方劑方面。據史書記載，1226年蒙古軍隊中瘟疫流行，曾用大黃治愈。13世紀開始，隨著蒙古族同國內各民族和阿拉伯、中亞及歐洲各國的交往及通商，內地和國外的一些藥物進入蒙古地區。蒙古高原的特產肉蓯蓉等藥物也輸送到內地和國外。在元代，有大量的藥材從波斯和中亞入蒙古大國。1292年，在上都成立了“回回藥物院”，其專用的“回回藥方”一書共34卷，編入大量的阿拉伯藥方和醫療經驗。后來蒙古醫學家官布扎布著《藥方》一書，收載了印度、西藏、回回、漢醫藥物和驗方。說明當時蒙古醫藥學在國內外的交流中得到了豐富和發展。

    在這個時期，蒙醫藥吸收了印度醫學理論。14世紀的著名翻譯家希拉布僧格，曾將印度經典《金光經》譯成蒙文，傳播于蒙古地區。該書第二十四章是阿尤吠陀醫學理論指導——四大元素（土、水、火、風）及氣、膽、痰學說的簡要論述，這對蒙醫理論的發展帶來了一定的影響。這個時期，隨著蒙古汗國及元朝同歐洲各國之間的交往，阿拉伯醫學、意大利的醫療經驗，也開始傳入蒙古地區，蒙古醫學從中吸取了適合本民族和本地區特點的醫療經驗，豐富了其內容。12世紀時，蒙古族醫學也曾受到畏吾醫學的影響（回鹖在蒙元朝成為畏吾或畏吾兒）。與此同時，蒙醫骨傷科、蒙古灸等醫療經驗也傳入中原地區和西藏、新疆等地。成吉思汗規定的“扎撒”（法令）里有“免除醫生賦稅”的條目。1206年前后，蒙古軍中設有軍醫，專門負責戰傷外科。由此可見，當時的蒙醫不僅在數量上增多了，而且有了很高的社會地位。在這個時期，蒙古族醫學成為具有初步醫療理論，具有豐富醫療經驗的古代傳統蒙醫學。

    16世紀以后，蒙古族經歷了明末到清朝的封建社會和1840年以后的半殖民地半封建社會。蒙古地區在經濟方面形成了以牧為主，半農半牧并有適當手工業的多種經濟的地區。文化方面也由于同許多民族的交流，其文化也稱多元性質。古代蒙醫學在這個階段有了進一步的提高，在大量吸收印度醫學和藏漢等兄弟民族的醫學理論和經驗后，發展成為具有系統理論、豐富經驗的獨具特色的近代醫學。

    16世紀末以來，以四大元素（土、水、火、風）學說為指導，氣、膽、痰理論為核心的印度醫學專著《醫經八支》和藏醫《四部醫典》傳入蒙古地區后，蒙古醫學得到豐富和提高。在蒙醫學發展到現代的過程中，出現了不同的學術派別，各派著術立說進行學術爭鳴，涌現出一大批著名的蒙醫學家。從學派來講，主要形成了傳統蒙醫學派、藏醫學派及近代蒙醫學派等三個派系。

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