據史料記載：從13世紀到17世紀初，廣大蒙古地區出現了不少民間醫療方法及方藥，如酸馬奶療法，瑟必素療法（蒙古語，即用牛羊等動物胃內反芻物做熱敷的一種熱置療法），礦泉療法，灸療法，拔火罐療法，正骨療法，飲食療法以及民間用藥方法是是這個時期的產物。蒙古族飲食療法也屬于蒙醫的傳統療法之一。

　　蒙古族人民中流傳著這樣一句民間諺語：“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水。”諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補、強身、防病、治病的作用。這是古代蒙古人從長期的生活實踐中總結出來的飲食療法的前身，在《蒙古秘史》中也有這方面的記載。

　　在藥物學方面，蒙醫藥家們創造了適合于本地區實際情況的獨特的配制法和用藥法等。同時還吸收了西藏。印度等地區和兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥物學理論不斷完善和發展。在17～18世紀涌現出很多著名的藥物學家、方劑學家和蒙藥著作。如伊希巴拉珠爾撰寫的《認藥白晶藥鑒》一書就是內容比較豐富的蒙藥學著作；18世紀藥物學家羅布桑蘇勒和木撰寫了《認藥學》四部書，即《珠寶、土、石類認藥學》《木、湯、滋補類認藥學》《草類認藥學》《鹽、灰、動物類認藥學》，主要闡述了藥物的形態，為認藥、采藥和研究藥物提供了依據。

　　蒙醫治療強調“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“調理三根”和“因人、因時、因地制宜”等治療原則。

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