根據(jù)研究，回回醫(yī)學(xué)是以人天渾同與有機(jī)整體思想為主導(dǎo)；以元?dú)庖粺o論與陰陽七行學(xué)說為基礎(chǔ)；以動(dòng)態(tài)和諧與過程論的觀念，探索人的生命活動(dòng)中身體和心性健康的整體規(guī)律，及其與疾病失序的關(guān)系；以辨質(zhì)為主。結(jié)合辨證、辨病、辨經(jīng)，論證養(yǎng)生、預(yù)防、治療、康復(fù)為特點(diǎn)的一門綜合性實(shí)用學(xué)科。為了便于分析回醫(yī)理論的內(nèi)涵，用以下“公式”來表述：

　　真一（單另獨(dú)一，絕對(duì)實(shí)體）——元?dú)猓ǖ谝晃镔|(zhì)，萬有之始）

　　——陰陽（陰“靜”陽“動(dòng)”，生化依據(jù)）

　 　——七行　四元（水、火、氣、土）———天地定位
　　　　　　　　三子（金、木、活）———萬物始生

　　　——人（思維與存在的統(tǒng)一體）

　　天人渾同的“真一”內(nèi)涵妙質(zhì)元?dú)猓獨(dú)鈨蓛x陰陽，陰陽化而生火，水火交錯(cuò)，萬物化生，水得火而生“氣”，火暴水而生“土”，土與水合而生“金”，氣與火和而生“木”，水、火、氣、土四者共合而生“活類”，金、木、活三者在天地化育中稱為“三子”，而當(dāng)三者形成后萬物莫不靠它而資生，所以又稱三母。

　　在自然生化過程中，萬物按一定生成次序先后問世，先者為其勝，為其名，但這只是就其主流而言，其實(shí)金、木、活三者相互交錯(cuò)，三氣無所不至，萬物而生。

　　回族先賢認(rèn)為，在自然形成的過程中，若金氣勝，金氣流行，山得之為玉石；水得之為蚌珠；土得之為五金之礦；草木得之為草木之情；一切萬物得之，而各成其堅(jiān)明定固也。

　　“木氣勝，木氣流行，山得之為嘉植；水得之生萍藻；沃土得之生禾稼；瘠土得之生草毛；四植之中、稟土勝者為堅(jiān)質(zhì)；稟氣勝者為囊空；稟水勝者多繁花；稟火勝者多果實(shí)。而要皆得此木氣以化育者也”。

　　“活氣流行，生于山者為走獸，其形體與丘陵似；生于林者為飛禽，其毛者與枝葉似；生于水者為鱗介，其鱗甲與水波似；稟氣土勝者性溫；稟火土勝者性烈；稟氣水勝者性貪；稟水火勝者性暴，而要皆得此活氣以化育者也”。

　　由上可以看出，無金則木不生，無木則鳥獸不育。抑萬物之主，皆從地出，自下而上也，故金藏土中，木見土外，鳥獸則飛行于空中，可見金、木、活“三子”堪稱萬物母，它與四元（四奇形）化育之功相同，皆為人和萬物的基本物質(zhì)。

　　對(duì)方位及天空，回族先賢認(rèn)為，當(dāng)四元?dú)狻⑺⒒稹⑼列纬傻耐瑫r(shí)，方見四方，即氣位為東方，土位為西方，火位為南方，水位為北方。空中天地者，近于地者“溫際”；上于溫者“濕際”；再上者“冷際”；近于天者“熱際”，此乃四際分空之論。這四際分空又是氣火水土“四元”聚結(jié)而成，溫際屬土，其氣和平；濕際屬水，其氣稍冷：冷際屬風(fēng)，其氣肅冽；熱際屬火，其氣炎熱。四際之氣皆為人與萬物所仰藉，并使之因時(shí)而得而所。

　　回族先賢不但對(duì)大自然的形成有較系統(tǒng)的認(rèn)識(shí)，而且對(duì)人的形成過程也有較系統(tǒng)的理論。回族先賢認(rèn)為：“人不能先天地而自立，天地萬物亦不能無人而自有，萬物為人之護(hù)衛(wèi)，人為萬物之樞機(jī)”。也就是說人類的進(jìn)化和大自然的形成是同步的。回族醫(yī)學(xué)對(duì)人類的進(jìn)化也是用以元?dú)鈱W(xué)說為基礎(chǔ)，以陰陽七行為理論框架來解釋的，認(rèn)為從大自然元?dú)獍l(fā)露至而成人身必須經(jīng)過六階段，即①“渾同品（是元?dú)獍l(fā)露始有的渾論之象）；②“起化品”，陰陽分（相當(dāng)于元?dú)鈨蓛x陰陽階段）；③“廣化品”（相當(dāng)于陰陽開始廣化萬物的階段，象著于水、火、土、氣四元出現(xiàn)）；④“正位品”（相當(dāng)于水、火、土、氣四元形成后，滅地定位，萬物始化階段）；⑤“蕃庶品”（相當(dāng)于水、火、氣、土、金、木、活，此四元三子相互作用變生萬物的階段）；⑥“成全品”人類出也（相當(dāng)于人自然形成之階段）。此六個(gè)階段無不體現(xiàn)了人天原始渾同的統(tǒng)一及進(jìn)化過程的和諧，雖屬古樸，但較概括而形象。

　　人類形成后的繁衍，回族先賢認(rèn)為：“初有一點(diǎn)種子，藏于父脊，授于母宮”，而授于母宮的一點(diǎn)種于是得父母交感之氣而成，“由于父之陽動(dòng)而生水，水挾陽氣而授于母；母之陰動(dòng)而生火，火挾陰氣而納此一點(diǎn)種子于宮，起初陰陽交而水火聚，故凝結(jié)為一。當(dāng)胚胎初化，于是一分為兩，成為“清”、“濁”不同的形態(tài)，清者為陽、濁者為陰，如同大世界元?dú)鈨蓛x陰陽，清與濁在母體內(nèi)特定的條件下，得到母宮的溫養(yǎng)，而不停地運(yùn)動(dòng)變化，其運(yùn)動(dòng)趨向是，清陽向內(nèi)，濁陰向外，如此，“清”、“濁”又各自兩半，分成了四個(gè)層次，如同陰陽化四元，也就是“四體液”，即“黑液、紅液、黃液、白液”，黑液為最外一層屬土，近于黑者；色紅屬風(fēng)近于紅者；色黃屬火；其居中者色白屬水。四者均為人身血肉精氣之本。回醫(yī)學(xué)認(rèn)為，胚胎一個(gè)月，黑紅黃白四液形成。接著人身小世界繼續(xù)依其特有的運(yùn)動(dòng)方式化育而成。

　　綜上所述，不難看出，回族先賢對(duì)大自然的認(rèn)識(shí)堪稱為古樸的唯物辯證法思想，之所以稱其為古樸，是因?yàn)樯鲜隼碚撆c現(xiàn)代對(duì)大自然的認(rèn)識(shí)相比就較原始了，上述理論，首先肯定世界是物質(zhì)的，且是運(yùn)動(dòng)的，變化的，在此基礎(chǔ)上，以元?dú)獍l(fā)露，兩儀陰陽，陰陽化而生四元，四元相互作用而生金、木、活三子，四元三子共同作用而生萬物，世界人類備也。故而稱之為古樸的唯物辯證法思想。回族先賢認(rèn)為，在宇宙沒有形成之前的先天世界里，處處充滿著一種渾論狀態(tài)的物質(zhì)，“中含妙質(zhì)”，是謂“元?dú)狻薄０⒗軐W(xué)中“頓拉底”這一概念與此類似，并引伸為“原動(dòng)精神”，回族先賢把這種原動(dòng)精神稱之為“發(fā)露”，元?dú)獍l(fā)露則意味著自然生化開始，是為先天之本，后天之根。這里所言后天包涵了自然宇宙這個(gè)“大世界”和人身這小世界。元?dú)庾匀簧恼麄�(gè)過程，只能通過不斷運(yùn)動(dòng)才能實(shí)現(xiàn)，而這種運(yùn)動(dòng)變化最大的和最突出的特征集中體現(xiàn)于“動(dòng)”與“靜”，中國(guó)的回回先民將這種形式引用中醫(yī)學(xué)的“陰、陽”概念來解釋渾論元?dú)庵_始生化，其“動(dòng)”多“靜”少者，謂之陽，其“動(dòng)”少“靜”多者謂之陰。回醫(yī)學(xué)認(rèn)為“動(dòng)”與“靜”這兩種相反相成的運(yùn)動(dòng)及其運(yùn)動(dòng)形態(tài)的存在，無論是“動(dòng)”還是“靜”，它們始終都在運(yùn)動(dòng)不已，天地萬物的變化均歸于這種運(yùn)動(dòng)，而這種運(yùn)動(dòng)形式既對(duì)立又統(tǒng)一，也就是說動(dòng)中有靜，靜中有動(dòng)，宇宙間無“純陰”、“純陽”、“全陰”、“全陽”，是陽中含有真陰，陰中含有真陽。是唯物辯證法思想。

　　由于自然生化的繼續(xù)發(fā)展，“動(dòng)”、“靜”運(yùn)動(dòng)的無體性，陰陽則化為四元（水、火、氣、土），四元相互作用則生金、木、活三子，回族先賢之所以把“水”、“火、“氣”、“土”稱為四元，說明它是同時(shí)成為一切有形物質(zhì)（“形”）與無形事物（“色”），又稱為“四象”，象是象征、現(xiàn)象之意，應(yīng)包括有形運(yùn)動(dòng)的形象和無形運(yùn)動(dòng)的形象，是為反映自然規(guī)律的四種動(dòng)態(tài)形象的總稱。又稱“四氣”，實(shí)指無時(shí)不有，無處不在，“彌滿無隙”，淵源于陰“靜”陽“動(dòng)”，在自然生化中，有著四類變化的運(yùn)動(dòng)性態(tài)；金、木、活三子又稱“三耦行”，四元又稱“四奇行”，行是行動(dòng)、遠(yuǎn)行之意，指運(yùn)動(dòng)不已，“四奇行”與“三耦行”組成七行，“四奇行”與“三耦行”化育之功相同，均為人和萬物的“基本物質(zhì)”。但“四奇行”先于天地定位，再由“三耦行”化育萬物。及此回醫(yī)學(xué)有了“氣”、“行”、“象”等概念的出現(xiàn)，深刻地反映了自然過程的無限運(yùn)動(dòng)性及其所表現(xiàn)的形象、氣象等，為人類認(rèn)識(shí)自然和人類自身的生命運(yùn)動(dòng)過程開拓了嶄新的思路。

　　人作為“小世界”與“大世界”同源，且處于同一運(yùn)動(dòng)過程之中，但人是“大成全品”，阿卜杜拉的《道行推原》指出：“人是大極大全，無美不備，既美其形，復(fù)美其妙”，回醫(yī)學(xué)的小世界種子，大世界元?dú)庵f，不但說明了人與自然的淵源關(guān)系，還反映了“大世界”從“無形”到“有形”，“小世界”從“有形”到“無形”的觀點(diǎn)，從“無形”的元?dú)獾饺f物形色的生成，從“有形”的種子到生命過程的演化，這種從無到有，從有到無的生生不息的自然過程，與老子“無生有、有生無”的自然觀一脈相承。這就是中國(guó)古代先哲所謂的“造化”與“神機(jī)”。

　　回醫(yī)學(xué)理論的病因?qū)W、病理學(xué)、病機(jī)學(xué)、臟象學(xué)等，僅從現(xiàn)有的歷史資料中難以釋全，但從《回回藥方》殘卷中所提及的關(guān)于人體醫(yī)學(xué)、病理病機(jī)學(xué)、病變部位來看，盛于元代的中國(guó)回族醫(yī)學(xué)是有完整的理論體系，其特點(diǎn)主要是：回醫(yī)學(xué)將古希臘的“四體液”學(xué)說改造為“黑、紅、黃、白”四液，并將其納入元?dú)猓南罄碚撝屑右赃\(yùn)用。此外又將“冷熱干濕”說改造為“溫際、冷際、濕際、熱際”說，并與四元配合作為病因病理學(xué)的組成部分，這也說明了回醫(yī)學(xué)是東西方醫(yī)藥文化高度結(jié)合的產(chǎn)物。