耳穴的治療方法較多，常用的有以下幾種：
　　1．毫針法 是利用毫針針刺耳穴，治療疾病的一種常用方法。其操作程序如下：
　　（1）定穴和消毒：以選定耳穴作為針刺點（包括用探棒或耳穴探測儀所測得的敏感點）。針刺前耳穴必須嚴格消毒，先用2.5%碘酒消毒，再用75%的乙醇脫碘，待乙醇干后施術。
　　（2）體位和進針：一般采用坐位，如年老體弱、病重或精神緊張者宜采用臥位，針具選用26～30號粗細的0.3～0.5寸長的不銹鋼針。進針時，醫者左手拇食二指固定耳郭，中指托著針刺部的耳背，既可以掌握針刺的深度，又可以減輕針刺疼痛。然后用右手拇食二指持針，用快速插入的速刺法或慢慢捻入的慢刺法進針均可。刺入深度應視患者耳郭局部的厚薄靈活掌握，一般刺入皮膚2～3分，達軟骨后毫針站立不搖晃為準。刺入耳穴后，如局部感應強烈，患者癥狀往往有即刻減輕感；如局部無針感，應調整針刺的方向、深度和角度。刺激強度和手法依病情、體質、證型、耐受度等綜合考慮。
　　（3）留針和出針：留針時間一般約15～30分鐘，慢性病、疼痛性疾病留針時間適當延長。留針期間，每隔10分鐘運針1次。出針是一次治療的結束動作，醫者左手托住耳郭，右手迅速將毫針垂直拔出，再用消毒干棉球壓迫針眼，以免出血。
　　2．電針法 針刺獲得針感后，接上電針機兩個極，具體操作參照電針法。通電時間一般以10～20分鐘為宜。適應于神經系統疾患、內臟痙攣、哮喘等。
　　3．埋針法 是將皮內針埋入耳穴治療疾病的方法，適用于慢性疾病和疼痛性疾病，起到持續刺激，鞏固療效和防止復發的目的。
　　使用時，左手固定常規消毒后的耳部，右手用鑷子挾住皮內針柄，輕輕刺入所選耳穴，再用膠布固定。一般埋患側耳郭，必要時埋雙耳，每日自行按壓3次，每次留針3～5日，5次為一療程。
　　4．耳穴貼壓法 即在耳穴表面貼敷壓丸的一種簡易療法。此法既能持續刺激穴位，又安全無痛，無副作用，目前廣泛應用于臨床。
　　壓丸所選材料就地取材，如王不留行籽、油菜籽、小米、綠豆、白芥子等。臨床現多用王不留行籽，因其表面光滑，大小和硬度適宜。應用前用沸水燙洗2分鐘，曬干裝瓶備用。
　　應用時，將王不留行籽貼附在0.6厘米×0.6厘米大小膠布中央，用鑷子挾住，貼敷在選用的耳穴上，每日自行按壓3～5次，每次每穴按壓30～60秒，3～7日更換1次，雙耳交替。刺激強度以患者情況而定，一般兒童、孕婦、年老體弱、神經衰弱者用輕刺激法，急性疼痛性病證宜用強刺激法。