哲學是人們對于整個世界（自然、社會和思維）的根本觀點和體系，即研究世界觀的學問，是對自然知識和社會知識的概括和總結。科學是自然、社會和思維的知識體系。科學離不開理論思維，離不開世界觀的指導。所以，哲學和科學之間存在著相互依賴、相互影響的密切關系。醫學是研究人類生命過程以及同疾病作斗爭的一門科學體系，屬于自然科學范疇。自然科學與哲學的關系是特殊和普通的辯證關系。醫學研究生命運動的特殊規律，而哲學則研究自然、社會和思維發展的普通規律。要探索生命的奧秘和健康與疾病的運動規律，醫學就必須以先進的哲學思想為建構自己理論體系的世界觀和方法論。中醫學屬于中國古代自然科學范疇，以中國古代樸素的唯物論和自發的辯證法思想即氣一元論、陰陽學說和五行學說為哲學基礎，來建構理論體系，并使之成為中醫學理論體系的重要組成部分。

氣是中國古代哲學范疇系統中一個最重要的最基本的范疇，是中華民族獨有的普遍的范疇。氣一元論，又稱元氣論，對中國傳統文化具有極其深刻的影響，成為中國古人認識世界的自然觀。

陰陽學說是在氣一元論基礎上建立起來的，是中國古代關于對立統一規律的認識，氣是陰陽對立的統一體，物質世界在陰陽二氣的相互作用下，不斷地運動變化。

五行學說是中國古代樸素的普通系統論，和陰陽學說一樣，著眼于事物的矛盾作用，著眼于事物的運動和變化，從事物的結構關系及其行為方式，探索自然界物質運動動態平衡的中國古代哲學認為：氣是天地萬物統一的基礎，是世界的本原。它以氣為最高哲學范按著氣——陰陽——五行的邏輯系統，揭示了世界萬物包括生命的本質，闡明了世界運動變化。

中醫學繼承和發展了中國古代哲學的氣一元論、陰陽學說和五行學說，用以闡明人類生命活動和外界環境的關系，疾病發生、發展及其防治規律，以及增進健康、延年益壽和提高勞動能力的措施等，建立了中醫學的氣一元論、陰陽學說和五行學說。

中醫學是中國古代的一門比較系統的學科，在探索人體生命運動規律時，把當時先進的哲學理論和醫學理論熔鑄成為一個不可分割的整體，屬于自然哲學形態。但中醫學是在古代醫學中遠較古希臘古羅馬醫學理論完善且醫術高超的自然哲學，它以氣一元論、陰陽學說和五行學說為自己的哲學基礎，運用綜合思維方式分析和解決醫學理論和醫療實踐，體現出中國傳統文化的特點。時至今日，還無法用分析手段使其脫離自然哲學而成為獨立存在的實證醫學。因此，要學習和研究中醫學，就必須弄懂中醫學中所包含的哲學內容。做到這一點，才能深刻理解中醫學理論的本質和特點。